測試集和驗證集說反了
驗證集與測試集有什么區(qū)別吨灭？為什么要分訓練集置蜀、驗證集和測試集客叉？測試集與驗證集的存在主要是為了把調參與評估泛化能力分為兩個相對獨立的步驟瓤檐，體現(xiàn)了正交化思想默伍。 驗證集一般用于進一步確定模型中的超參數(shù)（例如正則項系數(shù)梆惯、神經網絡...
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ScaleData()和NormalizeData()的區(qū)別
seurat包中ScaleData()和NormalizeData()的區(qū)別 以pbmc3k數(shù)據為例： 接下來探究NormalizeData和ScaleData對數(shù)據的處理：...
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10X單細胞（10X空間轉錄組）基于馬爾可夫過程和RNA速率的細胞命運預測（Cellrank）hello卫键，今天我們來分享一個更加完善的單細胞軌跡分析的軟件傀履，cellrank，文章在CellRank for directed single-cell fate mappi...
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使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(第十六章)本文首發(fā)于我的個人博客永罚， http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(第一章) 使用ArchR分析單細胞ATAC-...
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使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(第五章)本文首發(fā)于我的個人博客啤呼， http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(第一章) 使用ArchR分析單細胞ATAC-...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(第三章)本文首發(fā)于我的個人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顧: 使用ArchR分析單細胞ATAC-seq數(shù)據(第一章) 使用ArchR分析單細胞ATAC-...
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CD14+ Mono的cluster標記錯了蚯涮，和它marker gene所處的cluster對不上
Seurat官方教程 | pbmc3k_tutorial最新版
Compiled: March 18, 2021 來源：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html[...
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TCGA-數(shù)據整理（counts =》表達矩陣）
0遭顶、R包安裝 1张峰、差異表達矩陣 2、基因差異分析(三選一就可以進行后續(xù)分析) 測序的數(shù)據棒旗，DESeq2 喘批，edgeR一般用的比較多，接受的是RNAseq的count數(shù)據，非l...
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RNA-seq中的那些統(tǒng)計學問題（一）為什么是負二項分布？1. 轉錄組數(shù)據統(tǒng)計推斷的難題 在RNA-seq中進行兩組間的差異分析是最正常不過的了敌厘。 我們在其它實驗中同樣會遇到類似的分析台猴，通常，我們可以用方差分析判定兩組“分布”數(shù)據間...
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RNAseq pipline: Hisat2 samtools featureCounts DESeq2
花了兩天整理的RNAseq pipline 分享出來俱两，供學習參考饱狂，同時也聽聽大家的建議。RNAseq pipline: Hisat2 -> samtools -> featu...
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DESeq2的基本使用DEseq預熱 主要就是這幾個步驟了宪彩。 1. counts: 查看每個樣本在每個基因上的counts數(shù) 2. 構建DESeqDataSet 3. run DESeq() & ...
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絕命毒師
