好記性不如爛筆頭啊终，溫故而知新楚里。踏實一些冀值，不要著急罪佳，你想要的歲月都會給你痢畜！
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從gtf文件提取lncRNA
先查看gtf注釋文件中的gene_biotype個數(shù) 用R提取 R包： refGenome下載地址： https://cran.r-project.org/src/contr...
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R語言 Bioconductor包的安裝指南
R語言 Bioconductor包的安裝指南 (2012-09-15 19:11:55) http://r-china.org/forum.php?mod=viewthrea...
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R Package Scissor 學(xué)習(xí)筆記簡介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)，這是一種新穎的單細胞數(shù)據(jù)分析方法荸型。利用批量（bulk）表型從單細胞測序(scRNA-se...
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搬磚的工人<br>
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生物信息從業(yè)者，關(guān)注AI制藥辕狰、癌癥改备、微生物領(lǐng)域
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生信阿拉丁偶翅，為實用而生
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ATAC-seq數(shù)據(jù)可視化——超簡單教程
大家好這里是有時候季更默勾，有時候月更的基因組學(xué)研究生。上一期記錄了ATAC數(shù)據(jù)從Fastq數(shù)據(jù)到bam文件的處理腳本聚谁。 ATAC數(shù)據(jù)一鍵處理基因組學(xué)研究生母剥，公眾號：基因組學(xué)研究...
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隨筆記錄环疼，方便查找；<br>歡迎掃碼交流
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ATAC-seq背景知識 真核生物的DNA并不是裸露的朵耕，而是會與組蛋白結(jié)合炫隶。DNA纏繞在組蛋白上，形成串珠式結(jié)構(gòu)阎曹，珠是組蛋白伪阶，線是DNA煞檩。這樣的結(jié)構(gòu)進一步折疊，并在其它蛋白的輔助下形成染色質(zhì)...
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ATAC-Seq 數(shù)據(jù)分析（上）背景： 染色質(zhì)和染色體的結(jié)構(gòu)和功能 每一條染色單體由單個線性DNA分子組成望门。細胞核中的DNA是經(jīng)過高度有序的包裝形娇，否則就是一團亂麻，不利于DNA復(fù)制和表達調(diào)控筹误。這種有序的狀態(tài)...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心厨剪，又辜負了努力
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Linux篇：shell中while read line的用法及實戰(zhàn)
01 前言 在shell腳本中哄酝，我們經(jīng)常看到以下的一種結(jié)構(gòu)： while read linedo…done < file 可能不熟悉shell的人看到這個會有點懵祷膳，其實這是s...
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ATAC-seq生信分析綜述翻譯(Genome Biology)這是目前為止我看到過的關(guān)于ATAC-seq的最新綜述陶衅，感興趣的話值得一讀。2020.4.22更新：我看到一個公眾號也翻譯了這篇文章直晨，而且正好跟我這篇翻譯是在同一天發(fā)表http...
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用泊松分布解釋 NGS 測序數(shù)據(jù)的 duplication 問題
tags： NGS duplication 不管從哪個角度看我們都希望測序儀產(chǎn)出的數(shù)據(jù)中 duplicate 率盡量低搀军。怎樣降低 duplicate 率？ 構(gòu)建文庫時勇皇，核酸提...
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討厭又迷人的reads去重復(fù)在NGS分析入門階段罩句，我們不需要考慮太多的細節(jié)，只用知道一個分析的大致流程并完整跑下來即可敛摘。太多的細節(jié)门烂，只會讓我們對于分析產(chǎn)生莫須有的恐懼，因此一些“無關(guān)緊要“細節(jié)就被我們刻...
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生信坑底躺著不動的男人<br>簡書不常在，有問題可私信
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生信工作者。
