NOVOPlasty 是一個(gè)perl腳本贿衍，沒有依賴任何其他軟件国撵，下載好以后直接可以使用瘟斜。下載鏈接https://github.com/ndierckx/NOVOPlasty ...
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葉綠體基因組組裝軟件NOVOPlasty使用簡介
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在windows使用Aspera上傳數(shù)據(jù)到NCBI#1 安裝Aspera 下載地址：https://downloads.asperasoft.com/connect2/NCBI首頁也有提供下載： 到了下面這個(gè)頁面狐榔，一步一步操...
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kobas 3.0 做基因功能富集http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3KOBAS是一種廣泛使用的基因富集（GSE）分析工具暂筝。它的版本1.0和2.0分別于2005年和2011年發(fā)...
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使用MAKER進(jìn)行基因注釋(高級(jí)篇之AUGUSTUS模型訓(xùn)練）
準(zhǔn)備訓(xùn)練集和測試集 根據(jù)Augutus的官方教程拂共，可靠的基因結(jié)構(gòu)序列的要求如下： 提供基因的編碼部分紊馏，包含上游幾KB料饥。通常而言，基因越多朱监，效果越好岸啡，至少準(zhǔn)備200個(gè)基因以上。...
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基因功能注釋根據(jù)已有的蛋白庫赫编，對從基因組上提取到的蛋白序列進(jìn)行比對巡蘸，從而獲得相應(yīng)的信息。 常用的數(shù)據(jù)庫： Nr：NCBI官方非冗余蛋白數(shù)據(jù)庫沛慢，包括PDB, Swiss-Prot, PIR...
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使用MAKER進(jìn)行注釋: 學(xué)習(xí)MAKER的配置參數(shù)
MAKER配置文件詳解 本文翻譯自http://weatherby.genetics.utah.edu/MAKER/wiki/index.php/The_MAKER_cont...
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使用MAKER進(jìn)行基因注釋(高級(jí)篇之GeneMark-ET模型訓(xùn)練）GeneMarkGeorgia Institute of Technology開發(fā)的一系列基因預(yù)測工具赡若。真核生物基因組預(yù)測主要會(huì)用到GeneMark-ES/ET, 其中Gen...
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各個(gè)平臺(tái)下 Perl 模塊安裝總結(jié)
作者：史提芬先森原文：https://www.yuque.com/shenweiyan/cookbook/how-to-install-perl-modules[https:...
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使用MAKER進(jìn)行基因注釋(高級(jí)篇之SNAP模型訓(xùn)練）
訓(xùn)練 ab initio 基因預(yù)測工具(以SNAP為例) 對于一個(gè)新的物種而言，你大概率是沒有一個(gè)高質(zhì)量的基因模型去進(jìn)行基因預(yù)測团甲。但是我們可以利用EST序列（少部分物種估計(jì)有...
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使用MAKER進(jìn)行注釋: 訓(xùn)練SNAP基因模型準(zhǔn)備階段 訓(xùn)練SNAP模型逾冬，需要準(zhǔn)備三個(gè)文件，分別是參考基因組序列躺苦，組裝的轉(zhuǎn)錄本序列和同源蛋白序列身腻。 對于參考基因組序列，我們要保證N50需要超過預(yù)期基因長度的中位數(shù)匹厘，否則注...
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使用MAKER進(jìn)行基因注釋(基礎(chǔ)入門）
在基因組注釋上嘀趟，MAKER算是一個(gè)很強(qiáng)大的分析流程。能夠識(shí)別重復(fù)序列愈诚，將EST和蛋白序列比對到基因組她按，進(jìn)行從頭預(yù)測，并在最后整合這三個(gè)結(jié)果保證結(jié)果的可靠性炕柔。此外酌泰，MAKER還...
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juicer 學(xué)習(xí)首先下載juicer后，另建一個(gè)juicer-work的文件夾匕累，juicer-work里面各個(gè)文件夾的位置要放對陵刹，reference, fastq等，注意script里放上C...
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利用3D-DNA掛載基因組使用二代數(shù)據(jù)或三代數(shù)據(jù)得到contig后欢嘿，下一步就是將contig提升到染色體水平衰琐。對于二倍體物種而言也糊，目前3D-DNA應(yīng)該是組裝效果最好的一個(gè)軟件。 一：工作流程 使用3D...
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如何從BAM文件中提取fastq雖然高通量測序分析最常用的操作是將fastq比對到參考基因組得到BAM文件羡宙，但偶爾我們也需要提取BAM文件中特定區(qū)域中fastq狸剃。最開始我認(rèn)為這是一個(gè)非常簡單的操作，因?yàn)閟a...
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bam轉(zhuǎn)fastq一直WARNING辛辨，并且兩個(gè)fastq結(jié)果文件都是空的
下面這個(gè)報(bào)錯(cuò)信息較常見捕捂，但是如果每一條bam記錄都是這樣，就不常見了斗搞，我這兩天遇到了這種情況。先看看正常情況下是如何報(bào)錯(cuò)的： WARNING: Query SRR328680...
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如何高效地從BAM文件中提取fastq
在一年前慷妙，我寫過一篇文章僻焚，叫做如何從BAM文件中提取fastq，之前也發(fā)現(xiàn)了從BAM里面提取Fastq是有些麻煩膝擂，只不過最后通過samtools的子命令實(shí)現(xiàn)了數(shù)據(jù)提取虑啤，實(shí)現(xiàn)功...
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Hi-C數(shù)據(jù)質(zhì)控原理
作者：ahworld鏈接：Hi-C數(shù)據(jù)質(zhì)控原理來源：微信公眾號(hào)-seqyuan著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者架馋。 Hi-C數(shù)據(jù)質(zhì)控原理-視頻 Hi-C文庫的插入片...