生物數(shù)據(jù)分析筆記

粳稻參考基因組日本晴主要常用的有兩個(gè)版本底瓣，分別為The Rice Annotation Project (RAP)（https://rapdb.dna.affrc.go.jp...

walnutoil

1. 軟件安裝 AlphaFold 3分析網(wǎng)站(需要梯子和谷歌賬號(hào))：https://golgi.sandbox.google.com/about[https://golgi...

生信石頭

摘要 兩張圖總結(jié)本文蕉陋，以方便大家確定是否還有看下去的興趣 寫在前面 Emmm... 今天開放一個(gè)舊功能捐凭，全基因組基因密度統(tǒng)計(jì)。雖然是早前就寫好的寺滚，但我一直沒開放柑营，主要是考慮到...

雨落長(zhǎng)安是桃花綻放

1.首先在Ensemblefungi獲取該物種整個(gè)基因組的gff注釋文件（或gtf注釋文件，有誰(shuí)就下載誰(shuí)） 2.指定基因id的獲取 可以用表格形式打開gff文件村视，一般指定基因...

徐擎昱

基本名詞flowcell： 測(cè)序反應(yīng)的載體/容器官套，1個(gè)flowcell有8個(gè)lanelane： 測(cè)序反應(yīng)的平行泳道，試劑添加蚁孔、洗脫等過程的發(fā)生位置tile： 每次熒光掃描的位...

小潤(rùn)澤

本文是閱讀一個(gè)做算法的文章鼻百，有些收獲和想法绞旅，作為一種記錄我們?cè)谑褂胓atk call snp的時(shí)候摆尝，常常使用HaplotypeCaller這個(gè)參數(shù)，這個(gè)參數(shù)的目的是檢測(cè)出用來(lái)...

扇子和杯子

1. Summary 基因家族擴(kuò)張收縮分析可細(xì)分為六部分： 獲取每個(gè)基因?qū)?yīng)的最長(zhǎng)編碼區(qū)轉(zhuǎn)錄本 OrthoFinder聚類基因家族 系統(tǒng)發(fā)育樹推斷 物種分歧時(shí)間推斷 基因家族...

Mr_我愛讀文獻(xiàn)

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