公號“生物育種數(shù)據(jù)分析”作者，歡迎關(guān)注！日常分析生物數(shù)據(jù)分析筆記囊嘉、經(jīng)驗和小技巧。
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粳稻參考基因組ID轉(zhuǎn)換粳稻參考基因組日本晴主要常用的有兩個版本，分別為The Rice Annotation Project (RAP)（https://rapdb.dna.affrc.go.jp...
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AlphaFold 3-PyMOL可視化1. 軟件安裝 AlphaFold 3分析網(wǎng)站(需要梯子和谷歌賬號)：https://golgi.sandbox.google.com/about[https://golgi...
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TBtools | 全基因組 - 基因密度統(tǒng)計柱宦，充實你的圖片摘要 兩張圖總結(jié)本文，以方便大家確定是否還有看下去的興趣 寫在前面 Emmm... 今天開放一個舊功能播瞳，全基因組基因密度統(tǒng)計掸刊。雖然是早前就寫好的，但我一直沒開放赢乓，主要是考慮到...
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TBtools：在染色體上定位指定的基因（一整套流程）位置1.首先在Ensemblefungi獲取該物種整個基因組的gff注釋文件（或gtf注釋文件痒给，有誰就下載誰） 2.指定基因id的獲取 可以用表格形式打開gff文件，一般指定基因...
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學習小組Day7 筆記-測序原理及分類（徐擎昱）基本名詞flowcell： 測序反應的載體/容器骏全，1個flowcell有8個lanelane： 測序反應的平行泳道苍柏，試劑添加、洗脫等過程的發(fā)生位置tile： 每次熒光掃描的位...
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用MrBayes構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹操作步驟整理總結(jié)
最近在學習構(gòu)建進化樹姜贡，嘗試了用PHYML構(gòu)建ML樹和用MrBayes構(gòu)建貝葉斯樹试吁，因為構(gòu)建ML樹時用的是網(wǎng)站的PHYML進行的，操作簡便楼咳，所以就未做整理熄捍，只詳細整理了一下貝葉...
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GATK：HaplotypeCaller變異檢測本文是閱讀一個做算法的文章，有些收獲和想法母怜，作為一種記錄我們在使用gatk call snp的時候余耽，常常使用HaplotypeCaller這個參數(shù)，這個參數(shù)的目的是檢測出用來...
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個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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基因家族擴張收縮分析- OrthoFinder聚類基因家族1. Summary 基因家族擴張收縮分析可細分為六部分： 獲取每個基因?qū)淖铋L編碼區(qū)轉(zhuǎn)錄本 OrthoFinder聚類基因家族 系統(tǒng)發(fā)育樹推斷 物種分歧時間推斷 基因家族...
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PAML-discussion-groupHi PAML Users,Welcome to the PAML discussion group. This site is for posting questions...
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RNA-seq(5):序列比對：Hisat2比對軟件很多桐罕，首先大家去收集一下脉让，因為我們是帶大家入門，請統(tǒng)一用hisat2(官網(wǎng)https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtm...
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maSigpro建模代碼分析之p.vector前言 上一次我們說到了make.design.matrix滚澜，maSigpro建模代碼分析之make.design.matrix[http://www.reibang.com...
