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  • 使用Pysam操作BAM文件

    Pysam操作BAM文件 Pysam包是一個(gè)處理基因組數(shù)據(jù)的python模塊相速,它打包了htslib-1.3、samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能肛冶,...

  • python腳本截取fastq序列

    前言 ??最近在學(xué)習(xí)單細(xì)胞方面的知識街氢,遇到了一個(gè)小的需求就是截取需要的fastq序列。先來說一下為什么有這個(gè)需求睦袖,一般來說單細(xì)胞的測序文件有三個(gè)如test_R1.fastq....

  • @godgmy 謝謝謝謝珊肃,突然有了更新的動力??

    R aggregate()函數(shù)

    一:介紹: aggregate函數(shù)是數(shù)據(jù)處理中常用到的函數(shù),具有強(qiáng)大的功能馅笙÷浊牵可以按照要求把數(shù)據(jù)打組聚合,然后對聚合以后的數(shù)據(jù)進(jìn)行加和董习、求平均等各種操作烈和。具體說明可使用命令:h...

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    什么是宏基因組?

    2011年,當(dāng)時(shí)我被分配到了老東家綜合樓514室的醫(yī)口業(yè)務(wù)線小RNA組混皿淋。做小RNA測序服務(wù)業(yè)務(wù)的技術(shù)支持招刹。某日,辦公室里窝趣,同事A不知哪根筋堵塞疯暑,突發(fā)靈魂一問:“到底什么是小...

  • 群落多樣性之Alpha多樣性(一)

    學(xué)習(xí)生物學(xué)越锈,一項(xiàng)很重要的事情就是理解概念。有一種方法就是直接從名字上理解概念预麸。小RNA瞪浸,是不是就是很小的RNA?宏基因組吏祸,是不是就是很“宏”的基因組?……答案很統(tǒng)一:必須是啊...

  • python open()的r+钩蚊、a+贡翘、和w+

    對于open()的這三個(gè)參數(shù)的不同點(diǎn),我用python3做了文件寫入測試砰逻,使它更直觀鸣驱。 使用file:sample.txt做測試。 1蝠咆、r+演示: (1)踊东、打開演示 (2)北滥、...

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    R aggregate()函數(shù)

    一:介紹: aggregate函數(shù)是數(shù)據(jù)處理中常用到的函數(shù)再芋,具有強(qiáng)大的功能〖峒剑可以按照要求把數(shù)據(jù)打組聚合济赎,然后對聚合以后的數(shù)據(jù)進(jìn)行加和、求平均等各種操作记某。具體說明可使用命令:h...

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    下載GEO數(shù)據(jù)司训,R語言-做個(gè)基因的差異分析并且畫個(gè)熱圖展示

    1、下載GSE115850數(shù)據(jù) 2液南、讀取數(shù)據(jù)且處理數(shù)據(jù)壳猜,數(shù)據(jù)格式是這樣的: 接下來是要把行名改成基因名,又因?yàn)樾忻荒苁俏ㄒ坏牟荒苡兄貜?fù)滑凉,所以要把多個(gè)Ensembl對應(yīng)的同一...

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