R包文檔參考：https://www.metaboanalyst.ca/docs/RTutorial.xhtml#Workflow:%20Case%20Study%201[h...
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MetaboAnalystR包靈活丧荐、可重復的分析代謝組數(shù)據(jù) -
R包MetaboAnalystR安裝指南（Linux環(huán)境非root）前言 這是代謝組學數(shù)據(jù)分析的一個R包炮捧，包括用于代謝組學數(shù)據(jù)分析闯冷、可視化和功能注釋等眾多功能。最近有同事在集群中搭建蛋白和代謝流程，安裝這個包出現(xiàn)了問題，于是我折騰了一上午性穿。 ...
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批量壓縮文件
macos 打開終端pwd 查看當前目錄cd 路徑 設(shè)置要壓縮的文件夾所在的位置采用for 循環(huán)如我的example文件下有大量fastq文件，可設(shè)置 注意子目錄后綴進行更改
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RStudio - 保存環(huán)境
http://www.reibang.com/p/9ada0b34e376?ivk_sa=1024320u[http://www.reibang.com/p/9ada0b...
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關(guān)于ANCOMBC
https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ANCOMBC/inst/doc/ANCOM.html[ht...
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關(guān)于MaAsLin2
1.Adjust alpha diversity using covariates as fixed effect in Maaslin2## https://forum.b...
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更多教程請關(guān)注“生信學習者”
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大型文件的查看（tsv）
macbook可以采用“終端” 命令行工具: 在命令行中使用類似于less（在Linux和macOS上）或more命令來查看文件內(nèi)容。這些工具不會將整個文件加載到內(nèi)存中揭措，因此...
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臨床預測模型 第4章PSM: 平衡和矯正混雜因素 慎重選擇：可能會造成選擇性偏倚胯舷。因為匹配后，貧血組和非貧血組都刪掉部分人绊含。那些刪掉的人可能就是有心血管事件的人桑嘶。比較靠譜的方法是：想在原始數(shù)據(jù)上...
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數(shù)據(jù)分析：微生物數(shù)據(jù)分析方法講解拆解地址 14 種差異分析方法步驟以及原理初解[https://xbiomeanalysis.github.io/XMAS_tutorial/principals-of-di...
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用R完成傾向性得分匹配傾向性得分匹配是一類基于反事實理論的數(shù)據(jù)預處理方法，在醫(yī)學和政策研究中被廣泛應(yīng)用躬充。R中有幾個很優(yōu)秀的包可用于開展傾向性得分匹配逃顶，而其中功能較強、知名較廣充甚、使用方便的當屬Mat...
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傾向性評分匹配完整實例（R實現(xiàn)）傾向性評分匹配（propensity score matching, PSM）主要是在隨機對照試驗(Randomized controlled trials,RCT)中用于衡...
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psModel <- glm(formula = swang1 ~ age + sex + race + edu + income + ninsclas +
cat1 + das2d3pc + dnr1 + ca + surv2md1 + aps1 + scoma1 +
wtkilo1 + temp1 + meanbp1 + resp1 + hrt1 + pafi1 +
paco21 + ph1 + wblc1 + hema1 + sod1 + pot1 + crea1 +
bili1 + alb1 + resp + card + neuro + gastr + renal +
meta + hema + seps + trauma + ortho + cardiohx + chfhx +
dementhx + psychhx + chrpulhx + renalhx + liverhx + gibledhx +
malighx + immunhx + transhx + amihx,
family = binomial(link = "logit"),
data = rhc)
運行這段時以政，總是提示y應(yīng)該介于0到1之間。這是怎么回事伴找？ -
基于LEfSe分析進行微生物物種差異及關(guān)聯(lián)分析????LEfSe（LDA Effect Size）分析是一種用于發(fā)現(xiàn)和解釋高維度數(shù)據(jù)生物標識（基因盈蛮、通路和分類單元等）的分析工具。在微生物分析過程中技矮，這種分析方法主要采用線...
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Less is more. <br>公眾號：折耳根說
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用R實現(xiàn)傾向性評分匹配
幾日前衰倦，一腫瘤醫(yī)生回顧性收集了本院2008-2018年某主任主治的某癌所有病例資料袒炉，欲驗證A方法和B方法對該種腫瘤病人生存時間的差異。嘗試匹配無果樊零，遂來咨詢我磁。今天就和大家一同...
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PCA(principal component analysis,主成分分析)1. 簡介 PCA(Principal Components Analysis)即主成分分析，也稱主分量分析或主成分回歸分析法驻襟，是一種無監(jiān)督的數(shù)據(jù)降維方法十性。首先利用線性變換，...
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【代謝組學】3.數(shù)據(jù)分析非靶向代謝組實驗設(shè)計 1.代謝物提取塑悼，一般要求每組至少10個樣；2.在所有提取好的樣本中取等量混合作為QC楷掉；3.QC樣本與實驗樣本穿插上機厢蒜，開始十個QC霞势，結(jié)尾三個QC，中間每...
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CPDA注冊數(shù)據(jù)分析師、微軟Excel認證專家
