前言 作者開發(fā)Scissor的目的是結(jié)合bulk-seq的數(shù)據(jù)，尋找與某一性狀顯著相關(guān)的單細(xì)胞亞群招狸，然后從表型的角度解釋這些細(xì)胞亞群的生物學(xué)意義。作者開發(fā)Scissor的動(dòng)機(jī)...
IP屬地：上海
-
Scissor：聯(lián)合表型數(shù)據(jù)戴甩，Bulk-seq和scRNA的分析軟件 -
蛋白組DIA分析：Spectronaut軟件使用指南官方文檔： https://biognosys.com/media.ashx/spectronautmanual.pdf 0. 準(zhǔn)備 Spectronaut軟件是蛋白組DIA...
-
R可視化之ComplexHeatmap【二】：行（列）順序邻薯、行（列）名特別聲明：本部分（系列）內(nèi)容均來自顧祖光博士對(duì)ComplexHeatmap的介紹裙戏，僅為學(xué)習(xí)交流，尊重原創(chuàng)厕诡。 熱圖系列我們已經(jīng)有： R可視化之ComplexHeatmap【一】...
-
unable to find an inherited method for function ‘select’ for signature ‘"data.frame"’報(bào)錯(cuò)及處理辦法
今天用select函數(shù)出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)累榜，一開始沒注意報(bào)錯(cuò)信息，因?yàn)槲疫x擇的列名有些復(fù)雜灵嫌，怕是哪里掉了個(gè)空格壹罚，就重新?lián)Q了個(gè)方法選列名，還是出錯(cuò)寿羞。報(bào)錯(cuò)信息如下 簡(jiǎn)單說猖凛，就是不知道為a這個(gè)...
-
差異表達(dá)3｜MaGeck
MaGeck MaGeck是對(duì)CRISPR screen結(jié)果進(jìn)行篩選的軟件，差異表達(dá)的對(duì)象是sgRNA稠曼，再對(duì)不同sgRNA的結(jié)果進(jìn)行整合形病，得到差異基因。 1. median-...
-
單細(xì)胞分析實(shí)錄(18): 基于CellPhoneDB的細(xì)胞通訊分析及可視化 (上篇)
細(xì)胞通訊分析可以給我們一些細(xì)胞類群之間相互調(diào)控/交流的信息霞幅，這種細(xì)胞之間的調(diào)控主要是通過受配體結(jié)合漠吻，傳遞信號(hào)來實(shí)現(xiàn)的。不同的分化司恳、疾病過程途乃，可能存在特異的細(xì)胞通訊關(guān)系，因此闡...
-
單基因泛癌表達(dá)箱線圖和配對(duì)箱線圖展示
單基因泛癌表達(dá)箱線圖是泛癌分析文章必不可少的一個(gè)圖扔傅，配對(duì)箱線圖在很多文章中也有出現(xiàn)耍共。本文講解如何實(shí)現(xiàn)單個(gè)基因在泛癌表達(dá)箱線圖和配對(duì)箱線圖展示烫饼。先上效果圖： 1. 單基因泛癌表...
-
跟著Science學(xué)分析之單細(xì)胞組織偏好性分析（OR）
我們之前寫過計(jì)算單細(xì)胞比例的很多帖子，目的就是看看對(duì)照組與實(shí)驗(yàn)組相比试读，是否有些細(xì)胞類型或者亞群數(shù)量發(fā)生了顯著改變： 最近杠纵，看到之前張澤明教授團(tuán)隊(duì)發(fā)表在Science上的文章：...
-
小鬼的m6A圖文復(fù)現(xiàn)07-Peak結(jié)果以及分布特征圖上一期提到使用exomePeak2進(jìn)行m6A的Peak Calling，結(jié)果如下钩骇，每個(gè)樣本一個(gè)結(jié)果： ├── ADDInfo│ ├── ADDInfo_GLM_allDe...
