系列回顧：1.RNA velocity分析練習（一）文件下載以及預(yù)處理2.RNA velocity分析練習（二）軟件安裝3.RNA velocity分析練習（三）生成loom...
發(fā)簡信
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RNA velocity分析練習（四）聚類以及velocity可視化 -
非模式生物KEGG富集分析寫在前面 因為我研究的物種比較小眾闲擦，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒有對應(yīng)信息，所以無法使用公共數(shù)據(jù)庫進行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
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「生信軟件」細菌質(zhì)粒組裝
pATLAS smaegol/PlasFlow BU-ISCIII/plasmidID phac-nml/mob-suite zhenchengfang/PPR-Meta S...
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TCGA 拷貝數(shù)變異（CNV）數(shù)據(jù)整理（一）
zhuang_gj 3月-09-2021 從TCGA下載Masked Copy Number Segment 數(shù)據(jù)-----解壓后進行處理 marker file數(shù)據(jù)下載和處...
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TCGA生存模型的構(gòu)建以及模型預(yù)測和評估生存模型的構(gòu)建方法包括：1. Lasso回歸；2. Cox多因素回歸；3. 隨機森林；4. 支持向量機 可以把log_rank_test或cox篩選出的基因單獨做模型構(gòu)建愈腾，也...
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GSEA和GSVA，再也不用去下載gmt文件咯前言 我是在y蜀黍的書里(搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一個叫msigdbr的包岂津，就是把MsigDB的那些基因集合都R語言化了虱黄。那么以后想做G...
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ggpubr包繪制SCI文章圖（基礎(chǔ)知識）最近年中總結(jié)，我們學習一些基礎(chǔ)知識寸爆，還有幾天總結(jié)就結(jié)束了礁鲁，期待FFPE做空間轉(zhuǎn)錄組大放異彩 安裝及加載ggpubr包 安裝方式有兩種： 直接從CRAN安裝： 從GitHub上...
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單基因TCGA的Cox森林圖怎么畫才好看首先調(diào)取Xena網(wǎng)頁的TCGA數(shù)據(jù)做Cox生存分析盐欺，數(shù)據(jù)可以通過hiplot官網(wǎng)自主研發(fā)的ucsc-xena-shiny直接在線獲取訪問https://hiplot.com....
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R語言獲取 GO/KEGG 中某一通路的基因集
有時候我們想看某一特定通路的富集情況，這時就需要獲取該通路的基因集仅醇。 一冗美、從 GO 中獲取 下載腳本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
