bunny的后花園

GSEA背景 比如你讀到一篇文獻(xiàn)枚钓，里面的作者設(shè)計(jì)了一系列實(shí)驗(yàn)，其中一個(gè)實(shí)驗(yàn)是值纱，knock down基因X彪薛，對(duì)WT和KD進(jìn)行RNA-seq實(shí)驗(yàn)茂装，比較WT和KD的表達(dá)譜的變化，從...

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一、什么是進(jìn)化樹(shù) 系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹(shù) (Phylogenetic tree)：** 一般也叫系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)易遣，進(jìn)化樹(shù)彼妻。它可以利用樹(shù)狀分支圖形來(lái)表示各物種或基因間的親緣關(guān)系。 建進(jìn)化樹(shù)的...

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一文讀懂進(jìn)化樹(shù) 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù) 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)（Phylogenetic tree ）又稱(chēng)為系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)豆茫，是用一種類(lèi)似樹(shù)狀分支的圖形來(lái)概括各物種之間的親緣關(guān)系侨歉，可用來(lái)描述物種之間的進(jìn)化...

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WGCNA基礎(chǔ)概念 加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析 (WGCNA, Weighted correlation networkanalysis)是用來(lái)描述不同樣品之間基因關(guān)聯(lián)模式的系統(tǒng)...

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1. 背景介紹 19年Science上的一個(gè)組合相關(guān)性圖(下圖所示)變得流行起來(lái)幽邓，其中的繪圖部分和ggplot2包也有千絲萬(wàn)縷的聯(lián)系，用來(lái)展示環(huán)境因子和物種的關(guān)系特別好用火脉。唯...

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森嚴(yán)森語(yǔ)： 最近的一些學(xué)習(xí)和經(jīng)歷颊艳，讓我產(chǎn)生一種很強(qiáng)烈的認(rèn)知，那就是由于嚴(yán)重缺乏對(duì)身邊觸手可及的事物的了解忘分，而導(dǎo)致在學(xué)習(xí)和生活過(guò)程中不能產(chǎn)生最大化的生產(chǎn)力。常表現(xiàn)的一種具體的現(xiàn)...

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目錄 背景知識(shí)1.1. 根據(jù)分析對(duì)象的分類(lèi)1.2. 三個(gè)基本數(shù)據(jù)處理問(wèn)題1.3. 一般分析流程1.4. 比較宏基因組學(xué)的應(yīng)用1.5. 目前存在的技術(shù)問(wèn)題實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)2.1. 幾點(diǎn)...

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1.背景介紹 edgeR是一個(gè)R軟件包窥浪，也轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)分析中常用的工具，主要關(guān)注的是差異表達(dá)基因笛丙，甚至可以進(jìn)行無(wú)重復(fù)的差異表達(dá)分析漾脂。它的作用對(duì)象是readcount文件，行...