1.R包和數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 隨便一個h5文件即可波丰。我這里使用的是pbmc3k宛畦，scanpy推文最后生成的文件就是它惹挟。 2.獲取用于評分的基因集合 基本上大家使用的各種評分的基因集滔岳，都...
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python單細(xì)胞數(shù)據(jù)的基因集打分 -
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不看KM-plot身隐，不做cox回歸邀泉，怎么量化哪個組的預(yù)后好背景知識 講課講到批量的logrank test可以告訴我們兩個組之間的生存率差別是否顯著其徙，收到提問說： 老師胚迫，剛才的 生存分析中，展示了所有基因的p值唾那，有沒有其他列可以判斷...
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富集的物種不是人咋整啊1.ID轉(zhuǎn)換 首先是要轉(zhuǎn)換ID,擬南芥是要TAIR id來做富集分析访锻。怎么知道的呢？ 如果拿ENTRIZID來做闹获，會收到這樣式的報錯信息： 那我們就知道應(yīng)該用AT開頭的ID了...
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WGCNA（一）案例：研究蘋果的果皮顏色機制任務(wù)驅(qū)使期犬，直接看代碼不明白是在干嘛。所以找了基因課的WGCNA課程來看避诽，鏈接：http://genek.tv/[http://genek.tv/]龟虎，本文是該課程的學(xué)習(xí)記錄。 ...
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python 單細(xì)胞scanpy流程1.數(shù)據(jù)和包準(zhǔn)備 著名的pbmc3k數(shù)據(jù)：https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gen...
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一個數(shù)據(jù)里兩種分組信息怎么做差異分析1.背景知識 眾所周知沙庐，limma可以做基因表達(dá)芯片和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的差異分析鲤妥，可以方便的得處兩組之間有表達(dá)量差別的基因佳吞。多分組差異分析其實也是兩兩差異分析的批量做法。 有的實驗...
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什么棉安？一個單細(xì)胞樣本變成倆了底扳？1.背景知識 眾所周知，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的輸入文件是多種多樣的贡耽，詳見:不同文件格式單細(xì)胞數(shù)據(jù)讀取流程 https://mp.weixin.qq.com/s/W7szy-Kg6...
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log10數(shù)據(jù)要當(dāng)心基因表達(dá)芯片的數(shù)值范圍是需要關(guān)注的信息衷模。 可以從箱線圖上面看出大部分的端倪。 特殊數(shù)據(jù)看過來 這個數(shù)據(jù)的范圍是在0-4之間的蒲赂。正常的log之后的數(shù)據(jù)范圍是0~20之間阱冶，這個范...
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trans_array：探針表達(dá)矩陣轉(zhuǎn)換為基因表達(dá)矩陣 [TOC] #### 0.背景知識 trans_array這個函數(shù)的作用是講探針表達(dá)矩陣轉(zhuǎn)換為基因表達(dá)矩陣。 因為探針和基因不是...
[TOC] 0.背景知識 trans_array這個函數(shù)的作用是講探針表達(dá)矩陣轉(zhuǎn)換為基因表達(dá)矩陣凳宙。 因為探針和基因不是一一對應(yīng)的關(guān)系熙揍，會存在多個探針對應(yīng)同一個基因的情況。例如...
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裝R包氏涩，被網(wǎng)絡(luò)給制住了届囚？網(wǎng)絡(luò)不好如何裝包，本地安裝方法和注意事項 1.R包正規(guī)軍：大多數(shù)的包可以被鏡像解決 R包正規(guī)軍有兩支部隊是尖，一支是CRAN意系，是R語言官方網(wǎng)站，各種方向都有饺汹。一支是Biocond...
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花式創(chuàng)建txt今天來了一個大一的小朋友正在跟我的學(xué)習(xí)小組蛔添，教程里面有一個新建txt。她不會兜辞！ 啊這迎瞧。 讓我們來看一下可以腫么新建，三種方法拿出來逸吵。 [TOC] 其中凶硅，代碼新建是可以批量操作...
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R語言4.3該考慮更新了，或者也可以…初學(xué)者 推薦直接裝最新版R扫皱。見https://www.bilibili.com/video/BV1J44y1R7ci/[https://www.bilibili.com/vi...
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單細(xì)胞組間比較分析這篇文章介紹的是有分組的單細(xì)胞數(shù)據(jù)怎樣分析足绅，數(shù)據(jù)來自GEO的GSE231920，有3個treat韩脑，3個control樣本氢妈，代碼完整，可以自行下載數(shù)據(jù)跑一跑段多，但請注意細(xì)胞數(shù)量是...
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CellChat細(xì)胞通訊0. 背景知識 細(xì)胞通訊是單細(xì)胞數(shù)據(jù)高級分析中比較常見的一個首量，我們習(xí)慣使用的R包是CellChat。 這個是CellChat的一手教程： https://htmlprevie...
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多樣本monocle擬時序分析0.背景知識 做擬時序分析是為了探索自己感興趣的幾種細(xì)胞之間的發(fā)育關(guān)系，一般不是用全部類型的細(xì)胞來做的加缘。例如本例中選擇了CD14和CD16單核細(xì)胞粥航。 如果讓ai來說擬時序的目...
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monocle單樣本擬時序分析0.背景知識 做擬時序分析是為了探索自己感興趣的幾種細(xì)胞之間的發(fā)育關(guān)系，一般不是用全部類型的細(xì)胞來做的生百。例如本例中選擇了CD14和CD16單核細(xì)胞。 如果讓ai來說擬時序的目...
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為什么你的R語言不能默認(rèn)顯示英文呢1.為什么我們偏愛英文的提示和報錯柄延？ 因為學(xué)習(xí)新技能蚀浆，怎么樣都要遇到問題并解決問題的，英文的報錯信息更容易搜索得到答案搜吧，而中文的就不怎么好搜市俊。mac的同學(xué)就不用看了，默認(rèn)就是...