這里就是為了記錄一下實驗涉及的思路 eg：我之前的研究中發(fā)現(xiàn)某基因的過表達(dá)可以促進(jìn)腫瘤凋亡析校，如果我想研究它受到上游哪些基因的調(diào)控或者調(diào)控哪些下游基因妆距，應(yīng)該怎么做呢? 如果研究...
IP屬地：內(nèi)蒙古
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如何研究目標(biāo)基因的上下游
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RNA速率：細(xì)胞內(nèi)部的指南針博文名稱：RNA Velocity: The Cell’s Internal Compass博文鏈接：https://towardsdatascience.com/rna-v...
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sctransform預(yù)處理后逾雄，如何進(jìn)行差異表達(dá)分析一更米、seurat執(zhí)行差異表達(dá)分析 根據(jù)單細(xì)胞數(shù)據(jù)預(yù)處理的方式不同（lognormalize和sctransform）础芍，執(zhí)行差異表達(dá)分析代碼有所不同辽慕，這個需要注意酬核。我當(dāng)時請教過...
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轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)大亂燉一蜡塌、檢索已驗證的調(diào)控單基因的轉(zhuǎn)錄因子 1碉纳、在線查詢數(shù)據(jù)庫 (http://evexdb.org/)，是以PubMed和PubMed Central中發(fā)表文章的摘要和全文為依據(jù)...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組的文獻(xiàn)思路簡單分析作者馏艾，追風(fēng)少年i 七夕馬上就要到了劳曹，古人描寫七夕的詩句很多，不過小時候背的就記得一首 迢迢牽牛星琅摩，皎皎河漢女铁孵。纖纖擢素手，札札弄機(jī)杼房资。終日不成章蜕劝，泣涕零如雨。河漢清且淺轰异，相去...
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【空間轉(zhuǎn)錄組】MIA分析之前講過一篇空間轉(zhuǎn)錄組的文獻(xiàn)岖沛，里面首次提出了Multimodal intersection analysis(MIA)的空間轉(zhuǎn)錄組分析思路。 MIA分析可以用來評估空間上某個...
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富集分析的原理與實現(xiàn)
一般做完差異分析都會做這一步溉浙，目的是找到差異基因富集到的通路烫止，進(jìn)而與生物學(xué)意義聯(lián)系起來。具體的統(tǒng)計方法很簡單戳稽，這篇筆記里面的代碼可以從零搭建一個富集分析工具馆蠕。 后臺回復(fù)202...
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單細(xì)胞分析實錄(18): 基于CellPhoneDB的細(xì)胞通訊分析及可視化 (上篇)
細(xì)胞通訊分析可以給我們一些細(xì)胞類群之間相互調(diào)控/交流的信息，這種細(xì)胞之間的調(diào)控主要是通過受配體結(jié)合惊奇，傳遞信號來實現(xiàn)的互躬。不同的分化、疾病過程颂郎，可能存在特異的細(xì)胞通訊關(guān)系吼渡，因此闡...
