你好拢肆，cytohubba插件的mcc算法與degree算法的結(jié)果完全一樣是什么情況呢矗钟？
Cytoscape插件2：CytoHubbaCytoHubba:發(fā)現(xiàn)復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵目標(biāo)和子網(wǎng)絡(luò)網(wǎng)絡(luò)對(duì)呈現(xiàn)包括PPI，基因調(diào)控慌烧，細(xì)胞路徑和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等多種類型生物數(shù)據(jù)非常有用。我們//+重要性娄徊，并且這也能幫助我們發(fā)現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)中...
你好柿汛，用cytohubba得到了12種算法的結(jié)果并排序，但最終要選多少個(gè)hub基因呢券犁？根據(jù)哪一種算法選术健。
3e0e86c7e0f7 評(píng)論自Cytoscape插件2：CytoHubba
CytoHubba:發(fā)現(xiàn)復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵目標(biāo)和子網(wǎng)絡(luò)網(wǎng)絡(luò)對(duì)呈現(xiàn)包括PPI，基因調(diào)控粘衬，細(xì)胞路徑和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)等多種類型生物數(shù)據(jù)非常有用荞估。我們//+重要性，并且這也能幫助我們發(fā)現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)中...
轉(zhuǎn)載自Cytoscape NetworkAnalyzer Online Help https://med.bioinf.mpi-inf.mpg.de/netanalyzer/...
超幾何分布檢驗(yàn)常用來(lái)對(duì)venn圖兩個(gè)圈overlap的顯著性進(jìn)行檢驗(yàn)設(shè)總共有29個(gè)人稚新，其中11個(gè)吸煙者勘伺，18個(gè)非吸煙者，現(xiàn)從中隨機(jī)抽取16個(gè)樣本（在此實(shí)驗(yàn)中對(duì)應(yīng)著肺癌病人）褂删，...
參考這篇ID轉(zhuǎn)換不用怕，clusterProfiler幫你忙這篇詳細(xì)講了無(wú)參考基因組該怎么辦屯阀，值得一看 簡(jiǎn)單介紹一下幾種常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG開頭...
我也遇到了這個(gè)問(wèn)題缅帘，請(qǐng)問(wèn)你解決了嗎？
Cox回歸分析——森林圖將Cox回歸分析的結(jié)果提取出來(lái)难衰，用森林圖展示 step1 生成示例數(shù)據(jù) 生成的df數(shù)據(jù)框钦无，如下圖所示： 包含了病人ID，生存時(shí)間召衔，結(jié)局事件和50個(gè)基因的表達(dá)數(shù)據(jù)铃诬。因?yàn)槎际?..
我畫出來(lái)是張白板，里邊啥都沒(méi)，但是tabletext是有數(shù)據(jù)的趣席，過(guò)程也沒(méi)警告或報(bào)錯(cuò)兵志，請(qǐng)問(wèn)博主知道怎么解決嗎
八重_967e 評(píng)論自Cox回歸分析——森林圖
將Cox回歸分析的結(jié)果提取出來(lái)，用森林圖展示 step1 生成示例數(shù)據(jù) 生成的df數(shù)據(jù)框宣肚，如下圖所示： 包含了病人ID想罕，生存時(shí)間，結(jié)局事件和50個(gè)基因的表達(dá)數(shù)據(jù)霉涨。因?yàn)槎际?..
你好按价，為什么沒(méi)有結(jié)直腸癌COADREAD的數(shù)據(jù)呢？
GEPIA：點(diǎn)點(diǎn)鼠標(biāo)分析TCGA數(shù)據(jù)-超高自由度隨著公共數(shù)據(jù)庫(kù)的建立和開放笙瑟，越來(lái)越多的研究者可以接觸到測(cè)序數(shù)據(jù)楼镐，非常適合想我們這種“三無(wú)”研究者（無(wú)課題，無(wú)經(jīng)費(fèi)往枷，無(wú)文章）運(yùn)用公共數(shù)據(jù)找點(diǎn)事情干框产，可以是另辟蹊徑從某個(gè)獨(dú)特的視...
隨著公共數(shù)據(jù)庫(kù)的建立和開放，越來(lái)越多的研究者可以接觸到測(cè)序數(shù)據(jù)错洁，非常適合想我們這種“三無(wú)”研究者（無(wú)課題秉宿，無(wú)經(jīng)費(fèi)，無(wú)文章）運(yùn)用公共數(shù)據(jù)找點(diǎn)事情干屯碴，可以是另辟蹊徑從某個(gè)獨(dú)特的視...
你好描睦，不能做多基因的生存分析嗎？
GEPIA：點(diǎn)點(diǎn)鼠標(biāo)分析TCGA數(shù)據(jù)-超高自由度隨著公共數(shù)據(jù)庫(kù)的建立和開放导而，越來(lái)越多的研究者可以接觸到測(cè)序數(shù)據(jù)忱叭，非常適合想我們這種“三無(wú)”研究者（無(wú)課題，無(wú)經(jīng)費(fèi)嗡载，無(wú)文章）運(yùn)用公共數(shù)據(jù)找點(diǎn)事情干窑多，可以是另辟蹊徑從某個(gè)獨(dú)特的視...
前言：在構(gòu)建ceRNA 網(wǎng)絡(luò)時(shí)，需要計(jì)算lncRNA 與 蛋白編碼gene (pc gene） 間的表達(dá)相關(guān)性洼滚，一般采用皮爾遜相關(guān)系數(shù)埂息。具體如何做呢弟劲？ 首先獲得lncRNA...
@e8300e7cca1e 請(qǐng)問(wèn)你解決了嗎几蜻？我的樣本量也是不同的，不知道用什么計(jì)算
【R語(yǔ)言編程】---根據(jù)表達(dá)量計(jì)算mRNA與lncRNA的皮爾森相關(guān)系數(shù)前言：在構(gòu)建ceRNA 網(wǎng)絡(luò)時(shí)睹限，需要計(jì)算lncRNA 與 蛋白編碼gene (pc gene） 間的表達(dá)相關(guān)性铲掐，一般采用皮爾遜相關(guān)系數(shù)拾弃。具體如何做呢？ 首先獲得lncRNA...
TaoYan 計(jì)算相關(guān)矩陣 R內(nèi)置函數(shù)cor()可以用來(lái)計(jì)算相關(guān)系數(shù)：cor(x, method = c("pearson", "kendall", "spearman"))...
樓主摆霉，hylnc為35豪椿，hypc為223做共表達(dá)的時(shí)候出現(xiàn)了如下錯(cuò)誤
> v = plcortest(circ_exp[hylnc,],
+ m_exp[hypc,])
Error in if (k & k2) { : missing value where TRUE/FALSE needed
In addition: Warning messages:
1: In data.frame(..., check.names = FALSE) : 短變數(shù)里找到了行名奔坟，因此不用
2: In cor(x, y) : 標(biāo)準(zhǔn)差為零
3: In cor(x, y) : 標(biāo)準(zhǔn)差為零
樓主知道這是為什么嗎？感謝
兩個(gè)檢驗(yàn)給ceRNA錦上添花前面提到過(guò)gdcRNAtools里面的ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 構(gòu)建鑒定ceRNA的標(biāo)準(zhǔn)有4個(gè)：（1）lncRNA和mRNA之間共享的miRNA數(shù)量搭盾；（2）lncRNA與mRNA的...
好像也能用了
兩個(gè)檢驗(yàn)給ceRNA錦上添花前面提到過(guò)gdcRNAtools里面的ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建 構(gòu)建鑒定ceRNA的標(biāo)準(zhǔn)有4個(gè)：（1）lncRNA和mRNA之間共享的miRNA數(shù)量咳秉；（2）lncRNA與mRNA的...
小潔老師，您這里的方法 我的理解是鸯隅，通過(guò)差異分析得到關(guān)鍵的mRNA澜建，再通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)有的mRNA和哪些miRNA有調(diào)控關(guān)系，進(jìn)一步miRNA和lncRNA有哪些調(diào)控關(guān)系蝌以，找出這些miRNA lncRNA后炕舵，再通過(guò)cytoscape可視化對(duì)嗎？全過(guò)程不需要用到表達(dá)矩陣跟畅。
我看到有人做ceRNA會(huì)把差異的mRNA咽筋、miRNA、lncRNA都找出來(lái)碍彭，然后計(jì)算表達(dá)矩陣的相關(guān)性晤硕，把顯著相關(guān)的相互作用對(duì)篩選出來(lái)做cytoscape。
請(qǐng)問(wèn)這些方法之間庇忌，哪種比較被公認(rèn)呢？謝謝
52Anda 評(píng)論自從mRNA到ceRNA network
@jlyq617 謝謝
R實(shí)例：limma包分析Agilent 4x44K Arrays目前網(wǎng)頁(yè)上常見的是使用Affy的包對(duì)Affymetrix的芯片分析教程，而忽略了對(duì)其他平臺(tái)芯片分析晃酒。limma包是一個(gè)針對(duì)芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行分析的R包表牢，支持不同平臺(tái)的芯片數(shù)據(jù)。 數(shù)...