相關(guān)成果發(fā)表在NAR须教，Zijie Jiang, Zhixiang Peng, Zhaoyuan Wei, Jiahe Sun, Yongjiang Luo, Lingzi B...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：云南
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AutoHIC 自動(dòng)糾正HiC掛載結(jié)果
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SVIM-asm 基因組水平鑒定SVgithub：https://github.com/eldariont/svim-asm[https://github.com/eldariont/svim-asm] ref...
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compleasm 評(píng)估基因組質(zhì)量
文章由Heng Li出品故慈，發(fā)布在Bioinformatics勘高，‘compleasm: a faster and more accurate reimplementation ...
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PanDepth快速計(jì)算reads深度螺男，覆蓋度
計(jì)算reads的覆蓋度經(jīng)常使用samtools棒厘，但是pandepth的速度會(huì)更加快！ PanDepth安裝非常簡(jiǎn)單 使用方法也很容易 -g; gff作為輸入下隧，可計(jì)算基因的深度...
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一鍵式分析miRNA-sRNAminer
標(biāo)題還是起小了奢人，sRNAminer是由華南農(nóng)業(yè)大學(xué)夏瑞團(tuán)隊(duì)發(fā)表，針對(duì)于植物小RNA分析淆院。我只關(guān)注過miRNA何乎，因此，只針對(duì)miRNA進(jìn)行了測(cè)試土辩。該文章"sRNAminer: ...
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@請(qǐng)我吃辣條吧 是可以的支救，不管是SNP還是INDEL的，都是變異
admixture 群體結(jié)構(gòu)分析
tructure是與PCA拷淘、進(jìn)化樹相似的方法各墨，就是利用分子標(biāo)記的基因型信息對(duì)一組樣本進(jìn)行分類，分子標(biāo)記可以是SNP启涯、indel贬堵、SSR。相比于PCA结洼，進(jìn)化樹黎做，群體結(jié)構(gòu)分析可明...
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感謝蒸殿，真是拯救了我！鸣峭！
Mac上word保存后文件找不到的問題
打開Finder 輸入command＋shift＋g（三個(gè)一起按哦）宏所，打開文件夾路徑輸入框 輸入/private/var/folders/ 文件夾下面找到 T/com.mic...
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Mac上word保存后文件找不到的問題
打開Finder 輸入command＋shift＋g（三個(gè)一起按哦），打開文件夾路徑輸入框 輸入/private/var/folders/ 文件夾下面找到 T/com.mic...
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@煙柳皇都 貌似是你maker的問題叽掘，修改control file
GeneMark-ES/ET安裝與模型訓(xùn)練
GeneMarkGeorgia Institute of Technology開發(fā)的一系列基因預(yù)測(cè)工具楣铁。真核生物基因組預(yù)測(cè)主要會(huì)用到GeneMark-ES/ET, 其中Gen...
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IGV-GSAman | 極大提高「功能基因組學(xué)」研究效率的基因組瀏覽器寫在前面 今天周末，轉(zhuǎn)眼10月份只剩一周更扁。萬萬沒想到盖腕，一個(gè)月下去赫冬，我還是花了不少時(shí)間在完善「GSAman」。至于為什么本來「兩個(gè)小時(shí)」就干完的事情溃列，可以干成「22天」劲厌？到底還...
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轉(zhuǎn)座子（TE,散在重復(fù)）特征及其對(duì)基因組影響基因組中重復(fù)序列大體分為兩類：串聯(lián)重復(fù)（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可預(yù)測(cè)）散在重復(fù)（Dispersed repeats）听隐，...
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SALSA Hi-C輔助組裝
基于HI-C补鼻，將contig掛載到scaffold水平，同時(shí)可對(duì)contig進(jìn)行糾錯(cuò)雅任。 具體可見：Ghurye, J., Pop, M., Koren, S., Bickha...
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cDNA_Cupcake處理Iso-Seq該工具用于處理三代轉(zhuǎn)錄組（CCS）結(jié)果 具體請(qǐng)關(guān)注： https://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake/wiki[https://github....
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khaper 去除基因組重復(fù)
該工具主要用于去除基因組重復(fù)的序列风范。 詳情請(qǐng)查看githup [https://githup.com/lardo/khaper] Note 軟件需要內(nèi)存 >100 G 該軟件...
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自己測(cè)的最好，公共的也可以
GeneMark-ES/ET安裝與模型訓(xùn)練
GeneMarkGeorgia Institute of Technology開發(fā)的一系列基因預(yù)測(cè)工具沪么。真核生物基因組預(yù)測(cè)主要會(huì)用到GeneMark-ES/ET, 其中Gen...
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cuteSV鑒定SV
一款用于鑒定三代長(zhǎng)reads（HiFi, ONT, CLR）的軟件硼婿。經(jīng)作者檢驗(yàn)，其準(zhǔn)確度高于pbsv, svim, sniffles禽车。 安裝 簡(jiǎn)單使用 當(dāng)然寇漫，對(duì)于不同類型的l...
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Paragraph對(duì)SV進(jìn)行基因分型基于重測(cè)序數(shù)據(jù)用于對(duì)sv進(jìn)行g(shù)enotype. githup: https://github.com/Illumina/paragraph[https://github.co...