What is HOMER剥槐？ HOMER is a software for motif discovery and ChIP-Seq analysis HOMER軟件是Li...
發(fā)簡信
IP屬地：河南
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【生物信息筆記】HOMER 找 DNA motif
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使用HOMER進(jìn)行peak calling
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! HOMER是一款進(jìn)行motif預(yù)測的軟件，除此之外娃磺，該軟件還集成了許多其他功能薄湿，可以識別用于分析chip_seq,RNA_seq,Hi-C等數(shù)據(jù)。...
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ANNOVAR軟件使用
ANNOVAR是一個(gè)高效的注釋工具偷卧。它從不同的基因組功能注釋基因變異檢測(包括人類基因組hg18豺瘤、hg19 、hg38听诸、以及鼠坐求、蠕蟲、酵母等)晌梨。今天主要解說人類的注釋桥嗤。經(jīng)過A...
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腫瘤突變分析神器-maftools包得益于曾老師的介紹引導(dǎo)，了解此包师逸。了解一個(gè)包司倚，先看包的說明書，包的用法都在里面篓像。maftools包說明書 1.安裝包动知，加載包 source("http://bioconduc...
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免疫浸潤分析方法信息匯總整理這幾天看的文獻(xiàn)的重要信息。 1. 去卷積方法 CIBERSORT CIBERSORT是2015年在Nature Methods發(fā)表的一個(gè)方法员辩，現(xiàn)在被引量為84盒粮，其方法摘要...
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用TCGAbiolinks從TCGA數(shù)據(jù)下載到下游分析的學(xué)習(xí)筆記
前言 之前一直在用RTCGA包下載數(shù)據(jù)，看著永不更新的數(shù)據(jù)乏屯，心里總覺得怪怪的根时，于是下定決心重新學(xué)習(xí)一個(gè)好用的包——TCGAbiolinks。這個(gè)包調(diào)用GDC的API辰晕，應(yīng)該是最...
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序列比較中ClustalW和BLAST的區(qū)別序列比對是生物信息學(xué)研究中一種常見且經(jīng)典的手段扎唾。經(jīng)過多年的發(fā)展，序列比對也誕生了很多種方法南缓，這篇文章選擇討論的是兩種比較常見的序列比對方法，選擇哪種比對方法也是科研中容易踩坑...
