查詢ggprism包使用時候發(fā)現(xiàn)官網(wǎng)給出的一示例圖比較常用，這里記錄學習一下共郭。 加載R包準備數(shù)據(jù) 注意兩個細節(jié)： tools::toTitleCase可以替換字符中每個單詞的...
IP屬地：北京
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R語言繪制組間比較散點圖并自動添加P值信息
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利用abbrevr包批量輸出期刊縮寫有時候用endnote導入文獻后顯示的是期刊全稱浸剩，而用到縮寫時候就需要去一些網(wǎng)站上一個個搜索零渐，比如CASSI[https://cassi.cas.org/search.jsp...
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利用massdatabase包提取物種KEGG通路與基因/化合物對應信息
最近手頭處理一批代謝組數(shù)據(jù), 想基于幾十個關鍵差異代謝物代謝物進行下KEGG富集，能想到有兩種方式解決，一種常用方式就是基于MetaboAnalyst在線富集淌哟，另一種就是解析...
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基于GO-Figure快速繪制GO富集氣泡圖
GO-Figure! 是一個基于pyhton寫的GO富集小軟件迹卢，方便我們拿到富集結(jié)果后直接使用命令行的形式進行可視化，繪制出具有靈活性徒仓、可重復性的圖形婶希，且可基于最新的GO數(shù)據(jù)...
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@小橘子_5e3b 是的 這里應該降低fc 已更正
談談轉(zhuǎn)錄組測序基礎知識及常見問題
轉(zhuǎn)錄組學(Transcriptomics)，是一門在真整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學科蓬衡，從RNA水平研究基因的表達情況喻杈。轉(zhuǎn)錄組測序是通過二代測序平臺快速...
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@0d245faae0a2 感謝指正
宏基因組之物種注釋（基于nr庫）
昨天下午搗鼓了一下宏基因組物種注釋過程(基于nr庫)，現(xiàn)在將整個流程記錄一下狰晚。軟件需求：blast筒饰，diamond，taxonkit(安裝自行百度) 構(gòu)建細菌子庫 blast...
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一個輕量級繪制熱圖的R包-HeatmapR
目前R中繪制熱圖的方式有很多壁晒，常用的如pheatmap瓷们、ComplexHeatmap包等，這里再給大家介紹一個輕量級的R包-HeatmapR包秒咐，即無需過多的前期數(shù)據(jù)處理谬晕，可同...
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突然發(fā)現(xiàn)一篇適合了解CRISPR-Cas9的中文綜述文章題目：CRISPR/Cas9全基因組篩選在生命科學中的應用 文章鏈接：http://www.lifescience.net.cn/html/201809/20180911...
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分級KEGG富集pathway圖繪制最近在基迪奧平臺上看到了這張KEGG富集信息圖，剛好手頭有批現(xiàn)成的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)携取，剛好繪制一下給富集圖換換風格~~image.png 準備輸入文件 增添表中信息 整理好的表格如下...
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基因家族分析 | 基因家族成員鑒定(hmm模型＆同源blast)方法一：基于hmm模型的鑒定方法 1.準備數(shù)據(jù)①下載擬南芥基因組fasta文件攒钳、注釋文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub...
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學會這三個包晤斩，搞定R中的正則天下苦正則久矣焕檬，尤其當字符串中有自己想要的一段數(shù)據(jù)時候苦苦提取不出來的感覺真是難受，今天給大家介紹3個R包來解決這種正則帶來煩惱的包澳泵，希望對大家能有所幫助实愚。 regexpla...
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檢查ID格式是否按照要求
DiVenn一款用于比較基因列表的交互式Venn圖繪制工具
Divenn一種基于網(wǎng)絡的基于Web的工具 Divenn 可以將來自多個RNA-seq實驗中的基因列表進行比較，并顯示每個基因(集)的調(diào)控水平和整合到Kegg pathway...
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https://mp.weixin.qq.com/s/WvwaE7lb8neqHTX7QGfR2Q 介紹過兩個工具 rename功能了解下
宏基因組之基因組裝
背景 宏基因組組裝兔辅，即把短的reads拼裝成連續(xù)的序列contig腊敲，再根據(jù)PE等關系將contig拼裝成scaffold。與單個基因組組裝不同幢妄，宏基因組組裝最終得到的是環(huán)境樣...
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SFINX: 一個基于Shiny部署的鑒定蛋白互作關系平臺
目前研究蛋白質(zhì)互作方法有很多兔仰，傳統(tǒng)的方法是將天然蛋白免疫沉淀與質(zhì)譜檢測結(jié)合(CoIP-MS)茫负，另外流行的還有親和純化/質(zhì)譜法(AP-MS)蕉鸳，與CO-IP類似，它使用感興趣的誘...
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Robust火山圖：一種含離群值的代謝組數(shù)據(jù)差異分析方法
代謝組學中差異代謝物的識別仍然是一個巨大的挑戰(zhàn)，并在代謝組學數(shù)據(jù)分析中發(fā)揮著突出的作用潮尝。由于分析榕吼、實驗和生物的模糊性，代謝組學數(shù)據(jù)集經(jīng)常包含異常值勉失，但目前可用的差異代謝物識別...
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GSEA會用了羹蚣，來了解下DGSEA？
差異基因集富集分析(DGSEA)是對Broad Institute / MIT的原始的Gene Set Enrichment Aanlysis（GSEA）分析算法的改進乱凿。它是...
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MonaGO：一款新穎的交互式富集分析web工具
Monash Gene Ontology (MonaGO) 是一種新穎的基于 Web 的可視化系統(tǒng)顽素，它提供了一個直觀、交互式和響應式的界面徒蟆，用于執(zhí)行 GO 富集分析和可視化結(jié)...
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基于R語言繪制Network幾種方式平時對于網(wǎng)絡圖的繪制胁出，一般我們都會在R中生成邊和點列表后導入到Cytoscape和Gephi等的本地工具軟件當中，而R語言中也自帶有不少優(yōu)秀的包也可精美的可視化我們的數(shù)據(jù)段审，所...