怎么網(wǎng)上都是這一個帖子
基于orthofinder 結果構建物種樹串聯(lián)法 orthofinder 已經(jīng)生成好單拷貝基因串聯(lián)的序列静袖，可以直接使用踊东。找到orthofinder 已經(jīng)生成好單拷貝基因串聯(lián)的序列杠愧，SpeciesTreeAlignme...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
-
-
為什么我的沒有continue mapping
用cytoscape畫網(wǎng)絡圖
經(jīng)常看到文章中有那種好漂亮的網(wǎng)絡圖吉挣，偶也想自己畫一個呢派撕，但是不會咋整呢？ 別急睬魂，今天本椒就分享一下用cytoscape畫互作網(wǎng)絡圖终吼！ 看一遍就會啦。氯哮。际跪。還不會！那就多看幾遍哈...
-
正負相關怎么用線條顏色設置
用cytoscape畫網(wǎng)絡圖
經(jīng)常看到文章中有那種好漂亮的網(wǎng)絡圖姆打，偶也想自己畫一個呢良姆，但是不會咋整呢？ 別急幔戏，今天本椒就分享一下用cytoscape畫互作網(wǎng)絡圖玛追！ 看一遍就會啦。闲延。豹缀。還不會！那就多看幾遍哈...
-
非常詳細的一篇教程了
用cytoscape畫網(wǎng)絡圖
經(jīng)晨看到文章中有那種好漂亮的網(wǎng)絡圖，偶也想自己畫一個呢啸如，但是不會咋整呢侍匙？ 別急，今天本椒就分享一下用cytoscape畫互作網(wǎng)絡圖叮雳！ 看一遍就會啦想暗。。帘不。還不會说莫！那就多看幾遍哈...
-
@GPZ_Lab 我也想知道怎么導出結果
R使用筆記：相關系數(shù):cor.test();corr.test();rcorr()
本次筆記內容：cor.test()和cor()rcorr() {Hmisc}corr.test() {psych}spearmanCI() {spearmanCI} spea...
-
@小潤澤 啊…不是储狭。我從數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)，它有contig scaffold complete水平捣郊。
為什么contig不組裝到complete水平辽狈。
是組裝不到，還是人沒有組裝基因組組裝和注釋理論
基因組組裝 1.k-mer 那么我們首先要看一下k-mer是什么呛牲。它的定義是：是指將一條序列分成包含k個堿基的子字符串刮萌，如果reads長度為L，k-mer長度設為k娘扩，則產(chǎn)生的...
-
@小潤澤 為什么會有coting scaffold complete組裝水平着茸，為什么不都組裝到complete.是人為沒有組裝到complete水平，還是它序列本身組裝到complete水平
基因組組裝和注釋理論
基因組組裝 1.k-mer 那么我們首先要看一下k-mer是什么琐旁。它的定義是：是指將一條序列分成包含k個堿基的子字符串涮阔，如果reads長度為L，k-mer長度設為k灰殴，則產(chǎn)生的...
-
序列組裝水平减俏，會影響注釋結果嗎召烂？
宏基因組分箱（六）Prokka基因預測，注釋COG娃承、EC奏夫、RNA
導讀 prokka注釋細菌基因組，獲得該基因組的CDS历筝、Gene酗昼、RNA、EC梳猪、COG等注釋信息麻削。 一、基本信息 文章：Prokka: rapid prokaryotic g...
-
基因組裝水平會影響注釋結果嗎
「生信軟件」好用的細菌基因組組裝與注釋軟件
1. Spades[https://github.com/ablab/spades] 細菌基因組組裝最佳軟件(主觀感受)春弥，可進行二代組裝呛哟，三代組裝以及二代三代混合組裝。 2...
-
想問組裝水平會影響KEGG注釋結果呢
基因組組裝和注釋理論
基因組組裝 1.k-mer 那么我們首先要看一下k-mer是什么。它的定義是：是指將一條序列分成包含k個堿基的子字符串逃呼，如果reads長度為L鳖孤，k-mer長度設為k，則產(chǎn)生的...
-
救命Ｂ樟淌铐！為什么輸出了四個空文檔
零基礎快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...
寫在前面 早前已經(jīng)推過《新手eggNOG-Mapper詳細教程》，但仍然有很多人遇到使用問題蔫缸。換句話腿准，可能那個教程不能徹底解決大伙遇到的問題。于是我決定寫一個完美的教程拾碌，徹底...
-
如果是要.faa格式的 是不是 -faa
autoprokka:使用prokka批量注釋
autoprokka.py這個Python腳本可以方便地批量地使用prokka去進行注釋校翔，自動按照輸入文件名去命名輸出文件弟跑，并且每個樣本單獨一個文件夾存放注釋后結果，.gff...
-
個人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
