Step1：鏈特異性比對(duì)并組裝轉(zhuǎn)錄本 用HISAT2對(duì)每個(gè)樣本進(jìn)行鏈特異性比對(duì)，隨后利用StringTie對(duì)每個(gè)樣本的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行單獨(dú)組裝 Step2：過濾lncRNA 將所有...
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## lncRNA分析完全指北
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六鄙皇、GEO差異基因功能注釋之KEGG和GO一非区、ENTREZID轉(zhuǎn)換 進(jìn)行功能注釋畏鼓，首先需要對(duì)差異基因deg數(shù)據(jù)集進(jìn)行ENTREZID轉(zhuǎn)換 二、輸入數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 接下來拿出up基因和down基因的ENTREZID，組成di...
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生信小白教程之Count轉(zhuǎn)TPM丙曙，F(xiàn)PKM相信很多科研工作者（不包括比我厲害的大佬們）在做轉(zhuǎn)錄組時(shí)，都是在公司做測(cè)序其骄，然后數(shù)據(jù)也交給公司分析亏镰，又然后，期待做個(gè)差異分析拯爽，得出像下圖那么完美的熱圖索抓。 然而，然而，逼肯，我們得...
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轉(zhuǎn)錄組分析5——差異表達(dá)分析差異表達(dá)分析內(nèi)容：? 基因表達(dá)量的標(biāo)準(zhǔn)化方法及可視化? counts耸黑，RPKM，F(xiàn)PKM篮幢，TPM? PCA圖大刊、熱圖等? 差異表達(dá)分析及可視化? limma-voom，edge...
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R語言學(xué)習(xí)筆記之熱圖繪制TaoYan 簡(jiǎn)介 本文將繪制靜態(tài)與交互式熱圖三椿，需要使用到以下R包和函數(shù)：heatmap():用于繪制簡(jiǎn)單熱圖的函數(shù)heatmap.2():繪制增強(qiáng)熱圖的函數(shù)d3heatma...
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基因ID轉(zhuǎn)換及富集分析 | org.Hs.eg.db clusterProfiler僅針對(duì)人類而言。雖然一直對(duì)GO和KEGG不感冒赋续，但流程化的分析還是要做的。主要包括兩部分： 將基因編號(hào)轉(zhuǎn)為ENTREZID(具有唯一性）：基因編號(hào)來自ANNOVAR的注釋結(jié)果...
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R語言：clusterProfiler進(jìn)行GO富集分析和Gene_ID轉(zhuǎn)換
一另患、讀取文件纽乱，ID轉(zhuǎn)換 1.讀取文件 2.ID轉(zhuǎn)換，ENTREZID是進(jìn)行GO分析最好的ID類型（針對(duì)clusterProfiler） ID轉(zhuǎn)換用到的是bitr()函數(shù)昆箕，bi...
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【R語言學(xué)習(xí)】安裝org.Hs.eg.db包及更新R版本
使用install.packages("org.Hs.eg.db") 后 ,顯示： 解決方案： 1.安裝Bioconductor： 2.使用Bioconductor安裝org...
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轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十三): GO鸦列、KEGG富集個(gè)性化作圖
當(dāng)富集分析完成，拿到如下的分析結(jié)果后鹏倘，就可以進(jìn)行作圖了薯嗤。 富集分析結(jié)果的可視化無非就是柱狀圖和氣泡圖，但是公司默認(rèn)出圖實(shí)在是太丑纤泵，所以還是自己動(dòng)手修改修改骆姐。 一、常規(guī)柱狀圖（...
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手把手教你做GO功能富集可視化圖最近有同學(xué)私聊我能不能出一期GO功能富作圖并且提出要求 要非常簡(jiǎn)單 小白一看就會(huì)的那種 那么如何對(duì)這些基因進(jìn)行功能富集呢捏题？應(yīng)要求必須為簡(jiǎn)單的~ 那就用在線工具富集 這里...
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14.GO富集分析R語言代碼及5種圖的繪制一玻褪、舉例回顧 本節(jié)使用GSE1009數(shù)據(jù)集，已經(jīng)用limma包對(duì)數(shù)據(jù)集中的樣本進(jìn)行差異分析公荧，現(xiàn)對(duì)差異基因(DEGs)做GO富集分析带射。 GSE1009數(shù)據(jù)集介紹： 樣本量：共6...
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【R語言】DAVID KEGG富集分析結(jié)果可視化小編前面也用了好幾期的內(nèi)容來給大家分享如何零代碼做GO和KEGG富集分析，主要用到的是DAVID這個(gè)網(wǎng)頁工具循狰，并且零代碼展示GO和KEGG富集分析的結(jié)果窟社，主要用到的是Exce...
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DAVID數(shù)據(jù)庫簡(jiǎn)介及使用說明很高興今天給大家介紹DAVID數(shù)據(jù)庫，因?yàn)镈AVID不僅是個(gè)生物數(shù)據(jù)庫绪钥，也是一款在線分析軟件灿里。可以用來做基因的差異分析程腹，也可用于通路的富集钠四。他可以將輸入列表中的基因，關(guān)聯(lián)到生...
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Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 'row.names'的長度不對(duì)作為生信菜鳥，某天運(yùn)行代碼缀去，出現(xiàn)如下錯(cuò)誤： 運(yùn)行如圖代碼出現(xiàn)錯(cuò)誤侣灶。明明跟著老師來，為啥會(huì)出錯(cuò)呢缕碎？百度： 有個(gè)解答如下：R語言&Python GEO DataSets多個(gè)Ser...
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轉(zhuǎn)錄組分析之DESeq2包參考教程：https://4va.github.io/biodatasci/r-rnaseq-airway.html#data_needed 數(shù)據(jù)來源 Himes et al...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— 韋恩圖前言 對(duì)于數(shù)據(jù)集之間交疊關(guān)系的可視化褥影，通常想到的是繪制韋恩圖。 韋恩圖是一種關(guān)系型圖表咏雌，通過圖形之間的重疊來反映數(shù)據(jù)集之間的相交關(guān)系凡怎。 下面，我們來簡(jiǎn)單介紹一下如何繪制韋恩圖...
個(gè)人介紹
在這還未如愿見著不朽的年紀(jì)里赊抖，不老去统倒，也不厭倦。
個(gè)人微信公眾號(hào)：米厘集 ID：miliji2017
轉(zhuǎn)載務(wù)必聯(lián)系到本人哦～
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