發(fā)簡信
IP屬地：上海
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@曦曦1996 emmm抱歉太久沒看過簡書，這個問題我也不記得了谆刨，大概是沒有解決渺鹦，反正公司直接提供了原始的OTU表舀透，我就直接用了
Qiime1-1.介紹
倒騰學(xué)習(xí)了一段時間的qiime1和qiime2恶耽，決定苦心整理一下學(xué)習(xí)成果。雖然不知道啥時候才能更完颜启。主要參考下述網(wǎng)站的分析流程：https://twbattaglia.git...
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@趙會成 萬分感謝偷俭，已畢業(yè)，早已解決
Beta多樣性常用距離的區(qū)別
Bray-Curtis與Unifrac距離的區(qū)別：Unifrac考慮物種信息缰盏，計算依賴進(jìn)化樹文件 Weighted 和Unweighted Unifrac距離的區(qū)別：是否考慮...
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numpy.shape()和.shape
【參考資料】 https://blog.csdn.net/qq_28618765/article/details/78081959shape函數(shù)是numpy.core.fro...
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樸素貝葉斯(Naive Bayes)一. 生成式（generative）學(xué)習(xí)算法 如果算法直接學(xué)習(xí)涌萤，或者嘗試學(xué)習(xí)從輸入空間到類別的映射關(guān)系的算法淹遵，稱為判別式（discriminative）學(xué)習(xí)算法；比線性回歸（...
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【機(jī)器學(xué)習(xí)實戰(zhàn)】02-決策樹ID3
【博客的主要內(nèi)容主要是自己的學(xué)習(xí)筆記负溪，并結(jié)合個人的理解透揣，供各位在學(xué)習(xí)過程中參考，若有疑問川抡，歡迎提出辐真；若有侵權(quán)，請告知博主刪除崖堤，原創(chuàng)文章轉(zhuǎn)載還請注明出處侍咱。】[TOC] 1.什么...
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【R筆記】標(biāo)準(zhǔn)化
不同的指標(biāo)或變量的原始值在單位、量綱偎箫、取值范圍等方面會有較大差異木柬，因此，在處理較多變量的數(shù)據(jù)時镜廉，需要先對數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化弄诲，使不同變量具有可比性。 常用的標(biāo)準(zhǔn)化方法有： （1...
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2019-11-12【精華】P值校正方法小匯總轉(zhuǎn)發(fā)自http://crickcollege.com/news/237.html 前言在以往的推文中娇唯，小編給大家整理了兩篇有關(guān)假設(shè)檢驗的推文齐遵，其說明的主要問題是：1. 什么是...
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大佬梗摇，我在學(xué)習(xí)ecology-network，教程里用的psych::corr.test()想许，主要是有adjust的設(shè)置伶授，但是我數(shù)據(jù)可能是十幾萬個，有點(diǎn)大流纹，它跑死了糜烹。用Hmisc::rcorr()能跑出來，有沒有能算r又能校正的函數(shù)啊……雖然我也不是很懂有沒有必要adjust……
R使用筆記：相關(guān)系數(shù):cor.test();corr.test();rcorr()
本次筆記內(nèi)容：cor.test()和cor()rcorr() {Hmisc}corr.test() {psych}spearmanCI() {spearmanCI} spea...
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遞歸與迭代的區(qū)別遞歸（recursion）：遞歸常被用來描述以自相似方法重復(fù)事物的過程漱凝，在數(shù)學(xué)和計算機(jī)科學(xué)中疮蹦，指的是在函數(shù)定義中使用函數(shù)自身的方法。（A調(diào)用A） 迭代（iteration）：...
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Jupyter Notebook介紹茸炒、安裝及使用教程
一愕乎、什么是Jupyter Notebook阵苇？ 1. 簡介 Jupyter Notebook是基于網(wǎng)頁的用于交互計算的應(yīng)用程序。其可被應(yīng)用于全過程計算：開發(fā)感论、文檔編寫绅项、運(yùn)行代碼...
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關(guān)于annaconda導(dǎo)包pandas報錯C extension的問題
自學(xué)pandas數(shù)據(jù)分析時，被安利annaconda 比肄，因為它可以解決一些依賴關(guān)系快耿，會省去不少的麻煩，但是安裝之后薪前，發(fā)現(xiàn)導(dǎo)包一直不成功润努。理論上pandas是annaconda...
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phyloseq包的使用
參考資料： https://www.yunbios.net/phyloseq.html https://joey711.github.io/phyloseq/import-d...
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機(jī)器學(xué)習(xí)基礎(chǔ)（1）- ROC曲線理解本文用于理解ROC曲線的定義，繪制過程及其應(yīng)用實現(xiàn)示括，主要用于自我溫習(xí)回顧基礎(chǔ) 基本目錄如下： 什么是ROC曲線铺浇？1.1 ROC曲線的歷史1.2 ROC曲線的定義1.3 ROC...
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最后沒轍了，各種修改各種報錯垛膝，我估計是OTU表格問題鳍侣，手動提取了OTU-Simple這倆數(shù)據(jù)組成純數(shù)值矩陣就正常工作了。
擴(kuò)增子測序中OTU表進(jìn)行抽平的兩種方式
A random rarefaction of sample reads according to a specific reads length (usually the ...
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大佬吼拥，我照著跑colSum的時候報錯Error in colSums(bac.otu) : 'x' must be numeric倚聚，這個怎么弄啊，我是小白凿可。瞎弄了as.data.frame之類的沒反應(yīng)……
擴(kuò)增子測序中OTU表進(jìn)行抽平的兩種方式
A random rarefaction of sample reads according to a specific reads length (usually the ...
