基于群體遺傳中變異信息文件VCF來分析PCA 第一種方法 可以使用plink軟件直接進(jìn)行分析 plink --vcf all_genotypegvcf_filter_remo...
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群體遺傳中基于SNP的PCA分析
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群體遺傳筆記（一）：群體間選擇信號的檢測及GO注釋從獲取下機(jī)數(shù)據(jù)做質(zhì)控、比對，到calling snp獲得vcf文件這一步，網(wǎng)上已經(jīng)有非常詳細(xì)的教程憨降，有GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（上），還有Samtools+bcf...
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GWAS分析-說人話（14）- 如何查看SNP的基因型
前言 這年頭该酗，誰還TM的做GWAS～ 今天導(dǎo)師不是想和你看流星雨授药， 是想和你看看他感興趣SNPs在某個亞組數(shù)據(jù)中的基因型....... 怎么辦？ I have 一堆SNPs呜魄，...
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VCF格式的學(xué)習(xí)及對VCF文件的統(tǒng)計(jì)
部分摘自# VincentLuo91的博客 Part 1 VCF格式的學(xué)習(xí) 1.什么是vcf悔叽？VCF是用于描述SNP，INDEL和SV結(jié)果的文本文件爵嗅。在GATK軟件中得到最好...
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3. SNP Calling以GATK流程為例娇澎，簡單來說，SNP Calling主要包括以下幾步： 1. 給參考基因組建立索引：samtools faidx睹晒、bwa index, gatk Create...
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ggplot2：方差分析多重比較標(biāo)注顯著字母賴江山老師在科學(xué)網(wǎng)分享了Francois Gillet編寫的兩個方差分析多重比較的函數(shù) boxplert()和boxplerk()【來源Numerical Ecology w...
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8種特殊建庫測序8種特殊建庫測序 8種特殊建庫測序 1. RNA-seq 2. 外顯子測序 3. small RNA-seq 4. 單細(xì)胞DNA測序 5. 單細(xì)胞mRNA測序 6. 甲基化測...
