發(fā)簡信
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ROH镰吵、近交系數(shù)、親緣系數(shù)挂签、IBD疤祭、IBS連續(xù)純合片段（runs of homozygosity, ROH）是親代將同源相同的單倍型傳遞給子代而形成的，基于ROH計算的基因組近交系數(shù)是個體真實的近交系數(shù)饵婆，它比傳統(tǒng)系譜...
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系統(tǒng)發(fā)育比較分析—R系統(tǒng)發(fā)育樹是研究物種進化歷史必不可少的信息勺馆，我們可以利用它得到一些重要歷史線索，如： 生物多樣性（物種形成或滅絕）侨核； 物種性狀進化與多樣化（Character evoluti...
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2022《Cell》 作物馴化與育種中的整合基因組學導讀 野生植物被成功地馴化為農作物是人類文明的大事件诗祸。該過程的成功很大程度上要歸功于持續(xù)的人工選擇。本文總結了過去十年在作物馴化和育種研究中的新發(fā)現(xiàn)轴总。作物基因組圖譜的構建和眾...
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老師可以嘗試下這個agriGO v2.0的網址：http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/
我這里可以打開怀樟，期待對它的推文算法文獻閱讀9：ColinearScan (現(xiàn)代共線性算法的啟發(fā)版)
ColinearScan是世界級共線性/多倍化/生物信息分析大牛/奠基人/發(fā)展人王希胤老師在北大讀博開發(fā)的一款共線性算法軟件功偿。其實，后來的MCScan往堡、MCScanX和WGD...
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老師你好，你提到block.csv可以用來找對角線上的基因（pair）,請問可以簡單描述一下思路嗎吨瞎？
【比較基因組】共線性分析（WGDI）
如果一個物種在進化過程中發(fā)生了多倍體化痹兜，那么，在基因組上就會存在一些共線性區(qū)域（即兩個區(qū)域之間的基因是旁系同源基因颤诀，其基因的排布順序基本一致）字旭。多倍化以及后續(xù)的基因丟失和二倍...
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寫一封信 | 給踏入大學的小朋友
展信安，萬萬沒想到崖叫，我還是選擇帶一個本科生班級（都柏林學院22園藝1班）遗淳。知道我的，或許都清楚心傀，其實我并不喜歡別人喊我「老師」云云屈暗。與我而言，叫一聲「老師」和一聲「師兄」剧包，是...
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指北 | 園藝學恐锦，到底是干啥的？
這幾天晚上疆液，與新入學的小朋友聊了下一铅，發(fā)現(xiàn)絕大多數(shù)，對「園藝學」專業(yè)幾乎完全不了解堕油。我們就說實話吧潘飘，對于任何一個專業(yè)，除了極少數(shù)人外掉缺，幾乎沒有一定明確要學哪個專業(yè)卜录，或者明確不學...
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2022-09-16多倍化以及二倍化今天讀了一篇綜述很有趣，把關鍵知識點記錄一下眶明。 1. 多倍化分為同源多倍化和異源二倍化艰毒，區(qū)分兩者的關鍵且唯一之處是 multisomic inheritance。 Diff...
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淺談多倍體概念以及多倍體形成的幾種途徑多倍體蜀肘，擁有三套及三套以上完整染色體組的生物體绊汹。 根據多倍體是否經歷或已經完成二倍體化，可以將多倍體分為古多倍體 (paleopolyploid) 和近多倍體 (neopol...
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2022《Horticulture Research》| 泛轉錄組+GWAS/eQTL解析茶樹次級代謝物調控網絡2022年7月扮宠，劉仁義團隊（福建農林大學）和張興坦團隊（福建農林大學/中國農科院深圳農業(yè)基因組研究所）在Horticulture Research期刊（IF=7.291）發(fā)表...
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為什么要做基因家族（前言）基因家族的概念 基因家族 : 來源于同一個祖先西乖，由一個基因通過基因復制而產生的兩個或多個拷貝而構成的一組基因，他們在結構和功能上面具有明顯的相似性，編碼相似的蛋白質產物获雕。 包...
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分析 | GO 富集分析
從研一來到組里薄腻，一直聽到 GO 富集分析幾個字。直到現(xiàn)在典鸡，研二基本結束了被廓，我都沒做過，也不會做萝玷。有一個大概的認識，就是昆婿，自己的基因集中某種功能基因的占比要高于這種功能的基因在...
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全基因組重測序流程【超細致Ｇ虻铩！】
自己在研究生的第一個項目就是處理重測序數(shù)據仓蛆，在做的過程中參考了很多資料睁冬，現(xiàn)在把整個重測序的上游分析流程分享給大家，一些關鍵環(huán)節(jié)已經幫大家踩過坑了看疙，相信跟著學習實踐一定能夠收獲...
