計算每個位點(diǎn)的多態(tài)性烛恤； vcftools --vcf test.vcf --site-pi --positions SNP_list.txt --out out.txt...
IP屬地：北京
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vcftools 計算 pi、fst、tajima's D
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2019-03-06 Mac 復(fù)制快捷鍵失效問題Mac 復(fù)制快捷鍵失效問題 最近忽然發(fā)現(xiàn)點(diǎn)按 ?C 有時候無法進(jìn)行進(jìn)行復(fù)制抗楔，狂按幾次菜單欄中的“編輯”部分才會變藍(lán)…… 開始以為是我的 Mac 按鍵失靈了妨退，但仔細(xì)試了一下赠涮，發(fā)...
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潛在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群體（區(qū)別于強(qiáng)人工選擇）中华弓，如果我們感興趣的數(shù)量性狀表現(xiàn)出與特定的地理環(huán)境變量有高度的關(guān)聯(lián)性芭挽，隨著環(huán)境變量的改變而變化滑废，則這些環(huán)境變量往往反映了環(huán)境作用于個體表型的選擇...
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入門流程 | 三代測序基因組從[ 組裝 ]到[ 評估 ]- Pacbio、Flye袜爪、Quast寫在前面 最近蠕趁，帶一個師妹了解并做了簡單的基因組組裝工作，感覺其上手速度還可以饿敲。慢慢地有初窺生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析門徑的樣式妻导，于是....還是鼓勵她整理整理流程，分享分享（其實(shí)....
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Bioperl安裝
安裝 conda install -c bioconda perl-bioperl安裝完成如果不能正常調(diào)用bioperl出現(xiàn)Can‘t locate Bio/Perl.pm[...
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Biopython之gbff轉(zhuǎn)gff格式 2020-04-27gbff是NCBI基因組數(shù)據(jù)庫常見的基因組genebank格式文件怀各，在實(shí)際分析中倔韭，常常需要gff格式或者gtf格式，所以就存在gbff轉(zhuǎn)換gff格式的需求image.png ...
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這或許是我寫的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
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conda安裝bioperl模塊之后還是不能調(diào)用其中的模塊
我第一次遇到這種情況的時候瓢对，在網(wǎng)上查了很多的教程寿酌，試過各種方法，以及重新安裝相應(yīng)的模塊還是不能解決硕蛹，在各種折磨之后終于找到了原因醇疼。 查看conda安裝bioperl后的存儲的...
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使用pyGenomeTracks繪制表觀展示圖pyGenomeTracks是什么 首先在介紹pyGenomeTracks之前硕并， 先說幾個常用的表觀組學(xué)數(shù)據(jù)展示工具，IGV秧荆，UCSC和WashU倔毙。其中大家用的最多的應(yīng)該就是...
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bam轉(zhuǎn)fq文件 避坑網(wǎng)上主要有兩種方法： bedtools 里的bamToFastqbamToFastq -i XX.bam -fq XX.fq samtools bam2fqbam2fq XX...
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iTAK：在線預(yù)測全基因組轉(zhuǎn)錄因子TF陕赃，轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子TR與蛋白激酶PK前言 康奈爾大學(xué)，F(xiàn)eiLab的一個預(yù)測工具颁股。 iTAK 是依賴于數(shù)據(jù)庫的用于從蛋白質(zhì)或核苷酸序列中識別植物轉(zhuǎn)錄因子 (TF)么库、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子 (TR) 和蛋白激酶 (PK)，...
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計算分子進(jìn)化-搞懂PAML的正選擇分析許多基因組的文章里都會提到使用PAML進(jìn)行基因的正選擇分析(positive selection), 網(wǎng)上也有一些教程介紹如何用PAML進(jìn)行分析甘有。無論是文章诉儒，還是教程，大多只...
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quarTeT:Telomere-to-telomere Toolkit（補(bǔ)充）
quarTeT軟件報錯情況及處理 依賴tidk亏掀，但是安裝的tidk不能是最新最高版本的忱反。如果是，需要對其進(jìn)行降級處理幌氮。降級的方式也很簡單
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quarTeT:Telomere-to-telomere Toolkit(一款多功能軟件缭受。)
功能 參考引導(dǎo)的基因組組裝 1.AssemblyMapper: reference-guided genome assembly 基于長讀長的填縫 2.GapFiller: ...
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安裝和運(yùn)行DeepTE時報錯的解決辦法
DeepTE是一款非常實(shí)用的轉(zhuǎn)座子分類工具，一般在跑完EDTA重復(fù)序列注釋后可以運(yùn)行一下DeepTE對unknown的轉(zhuǎn)座子進(jìn)行進(jìn)一步分類该互。然而，我在安裝這個軟件時遇到了報錯...
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生信阿拉丁，為實(shí)用而生
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不做無條件咨詢，見諒
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位點(diǎn)頻譜(SFS)計算1. 什么是位點(diǎn)頻譜(site frequency spectrum)? 位點(diǎn)頻譜也叫等位基因頻譜(allele frequency spectrum)是群體遺傳學(xué)的術(shù)語，用...
