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新版TCGA的突變SNP數(shù)據(jù)下載和整理關(guān)于TCGAbiolinks包的學(xué)習(xí)前面一共介紹了5篇推文。 今天繼續(xù)學(xué)習(xí)如何使用TCGAbiolinks下載和整理MAF格式的突變數(shù)據(jù)。 之前的TCGA的MAF文件是可以下...
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R語言提取TCGA數(shù)據(jù)庫clinical.json中的臨床信息
轉(zhuǎn)自“醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)園”微信公眾號(hào)。 讀入clinical.json文件 計(jì)算文件長(zhǎng)度n，在這里n為348 初始化變量 利用一個(gè)for循環(huán)由json文件中提取信息 將提取的信息做成...
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ssGSEA 與CIBERSORT分析--腫瘤免疫浸潤(rùn)分析背景 GSEA、GSVA巴比、ssGSEA和GO、KEGG富集分析之間的區(qū)別？ 從輸入的表達(dá)矩陣入手1. GSEA的輸入矩陣：差異表達(dá)分析后得到的矩陣轻绞！一列基因名/ENTREZ ...
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GO采记、KEGG、GSVA政勃、GSEA | 多種富集方法該如何選擇
我個(gè)人看法唧龄，不一定對(duì)哈，首先奸远，GSEA和GSVA不是一回事既棺，不能放在一起說。 GSVA主要是通過感興趣的基因集來劃分樣本懒叛，有樣本基因表達(dá)譜和一個(gè)感興趣的基因集的情況下選GSV...
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從TCGA數(shù)據(jù)庫下載并整合清洗高通量腫瘤表達(dá)譜-臨床性狀數(shù)據(jù)測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
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WGCNA基礎(chǔ)概念WGCNA基礎(chǔ)概念 加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析 (WGCNA, Weighted correlation networkanalysis)是用來描述不同樣品之間基因關(guān)聯(lián)模式的系統(tǒng)...
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2022年，魚躍龍門诅迷！積極主動(dòng)洪己，逆天改命！
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【單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組 實(shí)戰(zhàn)】十竟贯、復(fù)現(xiàn)文章數(shù)據(jù)——scater、monocle Package這里是佳奧逝钥，我們繼續(xù)復(fù)現(xiàn)文章數(shù)據(jù)屑那。 1 scater Package 2 monocle Package 參考代碼： 有50%的基因只在低于20個(gè)細(xì)胞中有表達(dá)量，還有許多沒有...
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這里是佳奧<br><br>有疑問歡迎email或yuque平臺(tái)<br><br>專注多組學(xué)挖掘基因，以及非模式植物的下游注釋以及可視化工作
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
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如何把從TCGA下載的HTseq count轉(zhuǎn)換成FPKM如果你下載了TCGA數(shù)據(jù)庫里的count數(shù)據(jù)晌柬，想把它轉(zhuǎn)換成FPKM應(yīng)該怎么做呢姥份？參考文章：１．Htseq Count To Fpkm ２．【原創(chuàng)】R語言實(shí)戰(zhàn)：read cou...
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Rstudio中轉(zhuǎn)換R版本后，如何調(diào)用R包今天遇到一個(gè)非常棘手的問題年碘，在用BiocManager安裝一個(gè)R包c(diǎn)lusterProfiler時(shí)澈歉，需要我把R包更新到4.0以上的版本。 好吧屿衅，那我安裝了R版本也在Rstud...
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簡(jiǎn)書不再更新了。
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決定用四年的時(shí)間記錄自己的成長(zhǎng)；<br>女孩子也可以努力的很漂亮考抄；<br>喜歡的東西都很貴细疚，所以要加油呀。<br>VX公共號(hào)：學(xué)生菌口替代表
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