1调窍、關(guān)于潛關(guān)聯(lián)SNP的篩選 篩選疾病風(fēng)險(xiǎn)SNP時(shí)忧勿，選擇GWAS p值小于0.05的結(jié)果 并不是一個(gè)最佳的策略航攒，尤其是在全基因組范圍的關(guān)聯(lián)分析中诞挨。這是因?yàn)樵贕WAS中，通常要對(duì)...
發(fā)簡(jiǎn)信
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基于GWAS結(jié)果的SNP篩選與坐標(biāo)檢索指南
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基于Seurat 整合分析創(chuàng)建“共現(xiàn)熱圖”（co-occurance）通過 共現(xiàn)熱圖(co-occurance heatmap)出爹，我們可以用數(shù)值的方法定量地檢查兩個(gè)數(shù)據(jù)集的重疊程度豆挽。基于“最小值和”計(jì)算的重疊分?jǐn)?shù)含蓉，是一種有效的方法來量化這種重疊...
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Seurat v4 與 v5 數(shù)據(jù)整合工作流的技術(shù)差異說明批次效應(yīng) 是指在實(shí)驗(yàn)中由于不同的實(shí)驗(yàn)條件频敛、操作人員、試劑批次馅扣、設(shè)備差異等非生物學(xué)因素引起的系統(tǒng)性差異斟赚。具體來說，在單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq）中差油，不同的實(shí)驗(yàn)批次可能...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之細(xì)胞百分比餅圖的繪制作者拗军，追風(fēng)少年i 最近一直有人問我空間轉(zhuǎn)錄組的餅圖該如何繪制，如下圖 之前呢蓄喇，說過一些发侵，大家可以借鑒 10X空間轉(zhuǎn)錄組繪圖之細(xì)胞類型百分比餅圖和空間密度分布圖[https:/...
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Pianno: 空間轉(zhuǎn)錄組組織域無監(jiān)督注釋工具的安裝教程軟件快照: https://github.com/yuqiuzhou/Pianno[https://github.com/yuqiuzhou/Pianno]官網(wǎng)快照軟件介紹：...
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KEGG通路的從屬/注釋信息如何獲取
富集分析經(jīng)常做，之前只知道GO term有從上到下的層次關(guān)系妆偏，今天才知道KEGG pathway也有類似的分層關(guān)系刃鳄。 起因是我準(zhǔn)備更新一下自己的kegg富集結(jié)果展示圖，之前一...
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RunPrestoAll：Seurat差異基因分析加速利器钱骂！單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的差異基因表達(dá)分析是一種用于比較不同細(xì)胞之間基因表達(dá)水平的方法叔锐。在單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)中，每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)水平都被測(cè)量见秽，并以基因計(jì)數(shù)矩陣的形式進(jìn)行存儲(chǔ)愉烙。差異...
