0.Installation LDSC V3.0.1 (Python3) GitHub Repository[https://github.com/belowlab/lds...
發(fā)簡信
IP屬地：浙江
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Python3: LDSC-CTS For GRCh38 流程
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SLURM隊(duì)列系統(tǒng)創(chuàng)建平行陣列任務(wù)
Reference Basic Slurm Commands :: High Performance Computing[https://hpc.nmsu.edu/disco...
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基于dbSNP 批量注釋Variant （Rs#、POS暖夭、ALLELE...）dbSNP（單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫，Database of Single Nucleotide Polymorphisms） 是由 NCBI（美國國家生物技術(shù)信息中心撵孤，Nati...
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利用 SumStatsRehab 規(guī)范化補(bǔ)全 GWAS數(shù)據(jù)
統(tǒng)一GWAS Summary Statistics格式的重要性與挑戰(zhàn) 在GWAS（全基因組關(guān)聯(lián)研究）分析中迈着，由于缺乏統(tǒng)一的、規(guī)范化的GWAS Summary Statisti...
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關(guān)于PhastCons和SIFT4G的使用
由于分析需求需要使用PhastCons分析DNA的保守序列邪码，以及使用SIFT軟件分析氨基酸變異的有害性裕菠，經(jīng)過一段時(shí)間的探索，對這兩款軟件已經(jīng)有了還算全面的認(rèn)識霞扬，在此記錄一下分...
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ArchR-To-Signac 轉(zhuǎn)換：拓展單細(xì)胞ATAC分析引言 本博客旨在詳細(xì)展示如何將 ArchR 項(xiàng)目中的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為 Signac 格式對象糕韧，為下游單細(xì)胞 ATAC-seq 數(shù)據(jù)分析提供支持枫振。主要通過 六個(gè)簡短的代碼塊 系統(tǒng)性說...
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基于Seurat 整合分析創(chuàng)建“共現(xiàn)熱圖”（co-occurance）通過 共現(xiàn)熱圖(co-occurance heatmap)喻圃，我們可以用數(shù)值的方法定量地檢查兩個(gè)數(shù)據(jù)集的重疊程度》嗦耍基于“最小值和”計(jì)算的重疊分?jǐn)?shù)斧拍，是一種有效的方法來量化這種重疊...
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基于GWAS結(jié)果的SNP篩選與坐標(biāo)檢索指南
1、關(guān)于潛關(guān)聯(lián)SNP的篩選 篩選疾病風(fēng)險(xiǎn)SNP時(shí)杖小，選擇GWAS p值小于0.05的結(jié)果 并不是一個(gè)最佳的策略肆汹，尤其是在全基因組范圍的關(guān)聯(lián)分析中。這是因?yàn)樵贕WAS中予权，通常要對...
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Seurat::DoHeatmap Clustering Specific GenesReference DoHeatmap clustering specific genes and not top x genes · Issue #2261 · satij...
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利用 DuckDB 在 Linux 上高效查詢多種結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)
DuckDB 主要是為結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)查詢設(shè)計(jì)的昂勉，專注于高效處理和分析大規(guī)模數(shù)據(jù)集。它支持多種流行的數(shù)據(jù)存儲格式扫腺，如 Parquet岗照、CSV 和 SQLite，使得在處理這些格式時(shí)...
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Seurat v4 與 v5 數(shù)據(jù)整合工作流的技術(shù)差異說明批次效應(yīng) 是指在實(shí)驗(yàn)中由于不同的實(shí)驗(yàn)條件笆环、操作人員攒至、試劑批次、設(shè)備差異等非生物學(xué)因素引起的系統(tǒng)性差異躁劣。具體來說迫吐，在單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq）中，不同的實(shí)驗(yàn)批次可能...
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Human-to-Macaca fascicularis Ortholog GenesEnsembl webpage[http://www.ensembl.info/blog/2009/01/21/how-to-get-all-the-orthologous-...
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Signac::Enhence_CoveragePlot 的參考實(shí)現(xiàn)方案效果圖 Signac中的 CoveragePlot是一種用于展示基因組覆蓋度的圖形工具熙宇，常用于 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessib...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之細(xì)胞百分比餅圖的繪制作者，追風(fēng)少年i 最近一直有人問我空間轉(zhuǎn)錄組的餅圖該如何繪制梧却，如下圖 之前呢奇颠，說過一些，大家可以借鑒 10X空間轉(zhuǎn)錄組繪圖之細(xì)胞類型百分比餅圖和空間密度分布圖[https:/...
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Pianno: 空間轉(zhuǎn)錄組組織域無監(jiān)督注釋工具的安裝教程軟件快照: https://github.com/yuqiuzhou/Pianno[https://github.com/yuqiuzhou/Pianno]官網(wǎng)快照軟件介紹：...
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KEGG通路的從屬/注釋信息如何獲取
富集分析經(jīng)常做放航，之前只知道GO term有從上到下的層次關(guān)系烈拒，今天才知道KEGG pathway也有類似的分層關(guān)系。 起因是我準(zhǔn)備更新一下自己的kegg富集結(jié)果展示圖广鳍，之前一...
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Python環(huán)境管理工具Anaconda簡介 Anaconda就是可以便捷獲取包且對包進(jìn)行管理荆几，包括python和很多常見軟件庫和一個(gè)包管理器conda。常見的科學(xué)計(jì)算類的庫都包含在里面了赊时，使得安裝比較常規(guī)比pyt...
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RunPrestoAll：Seurat差異基因分析加速利器吨铸！單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序的差異基因表達(dá)分析是一種用于比較不同細(xì)胞之間基因表達(dá)水平的方法。在單細(xì)胞RNA測序數(shù)據(jù)中祖秒，每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)水平都被測量诞吱，并以基因計(jì)數(shù)矩陣的形式進(jìn)行存儲。差異...