博士課題換到了腫瘤免疫相關(guān)方向，涉及到T細(xì)胞培養(yǎng)的問題思喊，簡(jiǎn)單查了下發(fā)現(xiàn)用的培養(yǎng)基五花八門，用實(shí)驗(yàn)室級(jí)別的也有工業(yè)GMP生產(chǎn)用的培養(yǎng)基羊壹，一時(shí)不知如何下手蝙茶。查找了幾篇文獻(xiàn)扣唱，發(fā)現(xiàn)實(shí)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：浙江
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T細(xì)胞培養(yǎng)基選擇 -
請(qǐng)問下這里去雙胞款违，是把多個(gè)數(shù)據(jù)集merge到一起當(dāng)作一個(gè)數(shù)據(jù)集來進(jìn)行去雙胞流程嗎唐瀑？我看有人將雙胞必須單個(gè)數(shù)據(jù)集去除后才能整合。作者您有什么見解嗎插爹？
結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18
使用背景 我們一般拿到單細(xì)胞矩陣需要做的一個(gè)預(yù)處理步驟是去雙胞哄辣，而常用的一個(gè)R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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@心有靈犀_dc5f 看報(bào)錯(cuò)應(yīng)該是數(shù)據(jù)格式的問題，數(shù)據(jù)得是S4格式的對(duì)象
基因集富集分析(GSEA)及其可視化
1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計(jì)算方法赠尾，用于確定事先定義的一組基因是否在不同的樣品中差異表...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之使用CellChat 對(duì)多個(gè)數(shù)據(jù)集細(xì)胞通訊進(jìn)行比較分析1. 數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備 2.預(yù)測(cè)細(xì)胞通信 在比較多種生物條件下的細(xì)胞-細(xì)胞通信時(shí)力穗，可以得知細(xì)胞通信是否增強(qiáng)；細(xì)胞類型顯著變化之間的相互作用萍虽；不同條件下睛廊，source和target的...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之使用CellChat對(duì)單個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析1.CellChat對(duì)象的創(chuàng)建形真、處理及初始化[#1cellchat%E5%AF%B9%E8%B1%A1%E7%9A%84%E5%88%9B%E5%BB%BA%E5%A4%84...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析課程筆記施工中杉编。。咆霜。邓馒。。 1.SCENIC簡(jiǎn)介 目前單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域用的比較多的細(xì)胞聚類方法大多是直接從基因表達(dá)矩陣推斷蛾坯，但是對(duì)于多樣本合并分析光酣，很多情況下會(huì)出現(xiàn)難以解決的批...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之?dāng)M時(shí)序分析1.數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備 1.1選擇想要進(jìn)行時(shí)間軌跡分析的seurat亞群,，并將亞群提取出來 1.2 創(chuàng)建CellDataSet對(duì)象及monocle標(biāo)準(zhǔn)流程 詳見此鏈接：https:...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之monocle標(biāo)準(zhǔn)流程及不同包間對(duì)象轉(zhuǎn)換1.利用已有的Seurat對(duì)象轉(zhuǎn)換為CellDataSet對(duì)象 加載之前seutat標(biāo)準(zhǔn)流程跑完的數(shù)據(jù)脉课，如果沒有可以走一遍流程救军，教程點(diǎn)我[https://www.jiansh...
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基因集富集分析(GSEA)及其可視化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一種計(jì)算方法，用于確定事先定義的一組基因是否在不同的樣品中差異表...
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seurat單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小技巧1 亞群合并 當(dāng)有幾類亞群同屬于某類細(xì)胞時(shí)倘零，比如CD4+ T細(xì)胞和CD8+ T細(xì)胞均屬于T細(xì)胞唱遭，想要將他們合并在一起時(shí)，可以使用此代碼呈驶。 推薦使用第二種方法拷泽，這樣不更改原始亞...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之Seurat包全流程-數(shù)據(jù)過濾、降維分群及可視化1.Seurat包的安裝及數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備 1.1 加載需要的包和數(shù)據(jù) 1.2 創(chuàng)建Seurat對(duì)象 對(duì)于之前從CellRanger得到的比對(duì)結(jié)果，讀取sample/outs/fi...
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ELISA簡(jiǎn)介及基于夾心法的PK方法學(xué)開發(fā)實(shí)例ELISA(酶聯(lián)免疫吸附反應(yīng))指將可溶性的抗原或抗體吸附到聚苯乙烯等固相載體上司致，進(jìn)行免疫反應(yīng)的定性和定量方法拆吆。 ELISA在抗體藥物研發(fā)的各個(gè)環(huán)節(jié)有著廣泛的應(yīng)用，從應(yīng)用目的來...
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周運(yùn)來，男羹唠，長(zhǎng)大了才會(huì)遇到的帥哥奕枢，穩(wěn)健，瀟灑佩微，大方缝彬，靠譜。一段生信緣哺眯，一棵技能樹谷浅。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人奶卓，簡(jiǎn)書創(chuàng)作者一疯，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組之從fastq到counts1 原始數(shù)據(jù)下載及轉(zhuǎn)換 從GEO下載原始數(shù)據(jù)需要使用官方工具SRA-tools夺姑，安裝SRA-tools 1.1 原始數(shù)據(jù)下載 進(jìn)入NCBI SRA數(shù)據(jù)庫(kù)[https://tr...
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轉(zhuǎn)錄組分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2視頻課程鏈接已經(jīng)公開, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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cytoscape及APP(插件)使用手冊(cè)
寫在前面： 對(duì)于我們大多數(shù)來說墩邀，用圖形或圖表更比數(shù)據(jù)本身更能說明問題，更容易讓人理解盏浙，并且可以賞心悅目眉睹。細(xì)胞內(nèi)部，大量的分子時(shí)刻都在發(fā)生著變化或相互作用废膘。對(duì)于我們來說竹海，了解這...
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生信學(xué)習(xí)筆記斋配、腳本編程、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)灌闺、數(shù)據(jù)分析 ～～～ 生物信息領(lǐng)域的大雜燴～ 好大一鍋亂燉艰争，快到我的額碗里來～ 好好學(xué)習(xí)，天天學(xué)生信～
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生信技能樹：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號(hào)：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA，技術(shù)文檔與博客接校，需要你的參與猛频。 ……………………………… 歡迎在簡(jiǎn)書創(chuàng)作和做筆記的生信學(xué)習(xí)者狮崩、愛好者以及相關(guān)編程人員加入本專題，貢獻(xiàn)你的文字鹿寻，無論是原創(chuàng)還是筆記睦柴，我們需要你，將本專題打造為生信知識(shí)寶庫(kù)毡熏、交流平臺(tái)坦敌。 內(nèi)容可以是對(duì)生物信息學(xué)與算法知識(shí)相關(guān)資源的收集、整理痢法，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計(jì) * 計(jì)算生物學(xué) * 各類算法 * 機(jī)器學(xué)習(xí)
