CARD.visualize.pie函數(shù)畫出來后可以使用ggsave函數(shù)保存出來
空間轉(zhuǎn)錄組去卷積分析工具介紹——CARD簡(jiǎn)介 ??目前算谈，單細(xì)胞技術(shù)發(fā)展迅速膘婶，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以幫助我們獲得組織中每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)水平钞翔，但卻無法獲得對(duì)應(yīng)空間位置上的信息彼绷±胩眨空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（spatial trans...
簡(jiǎn)介 ??目前戴差，單細(xì)胞技術(shù)發(fā)展迅速乱投，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以幫助我們獲得組織中每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)水平咽笼，但卻無法獲得對(duì)應(yīng)空間位置上的信息∑蒽牛空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（spatial trans...
@asdzxc123 哈哈剑刑，爭(zhēng)取以后多更新
Seurat學(xué)習(xí)與使用（一）簡(jiǎn)介 ??Seurat是一個(gè)r包，被設(shè)計(jì)用于單細(xì)胞rna-seq數(shù)據(jù)的細(xì)胞質(zhì)控和分析双肤。Seurat旨在使用戶能夠識(shí)別和解釋單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的異質(zhì)性來源施掏，同時(shí)提供整合不同類型...
前言 ??好久沒寫簡(jiǎn)書了，這兩年多一直在做著單細(xì)胞的數(shù)據(jù)分析茅糜，有單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析需求的朋友可以私信我七芭。??目前單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組單個(gè)樣本的成本不斷降低，發(fā)表一篇高分文章的樣本要求也越...
你好预明，請(qǐng)問下這種報(bào)錯(cuò)是啥原因，可以解決嗎
```
celfiles.gcrma <- gcrma(celfiles)
Adjusting for optical effect......Done.
Computing affinities.Error in matrix(NA, nrow = max(cbind(pmIndex, mmIndex)), ncol = 1) :
invalid 'nrow' value (too large or NA)
```
使用Bioconductor 分析芯片數(shù)據(jù)（一）1耙箍、下載安裝R相關(guān)包 GEOquery 是 NCBI 存儲(chǔ)標(biāo)準(zhǔn)化的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫(kù) GEO 的接口程序撰糠。 2、下載芯片數(shù)據(jù) 教程中我們使用 Dr Andrew ...
你好辩昆，請(qǐng)問這個(gè)問題你解決了嗎阅酪，我也遇到了
Bioconductor 分析芯片數(shù)據(jù)教程這是我在 The Bioinformatics Knowledgeblog 上看到的一篇教程，原文在這里卤材，教程條理清晰遮斥，對(duì)我理解芯片數(shù)據(jù)分析流程幫助很大，就把它翻譯了過來扇丛。 ...
博主你好术吗，想問下第二種方法下載的Series Matrix Files文件表達(dá)矩陣都是小數(shù)是代表數(shù)據(jù)已經(jīng)經(jīng)過Normalize的標(biāo)準(zhǔn)化處理了嗎
GEO數(shù)據(jù)庫(kù)視頻學(xué)習(xí)筆記（芯片數(shù)據(jù)下載和數(shù)據(jù)讀取）之前寫的的CHIP-seq和RNA-seq很多練習(xí)的數(shù)據(jù)都是從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載的帆精。但是從來沒有細(xì)致的了解過GEO這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)较屿。趁著還沒復(fù)工，再多學(xué)一點(diǎn)新知識(shí)~這次的筆記是生信技...
之前寫的的CHIP-seq和RNA-seq很多練習(xí)的數(shù)據(jù)都是從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載的隘蝎。但是從來沒有細(xì)致的了解過GEO這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)。趁著還沒復(fù)工襟企，再多學(xué)一點(diǎn)新知識(shí)~這次的筆記是生信技...
你好嘱么，想請(qǐng)問下plot_genes_branched_pseudotime函數(shù)畫出來的圖中那個(gè)Branch（圖中Y_15和Y_39）是怎么判定哪個(gè)對(duì)應(yīng)熱圖Cellfate1和Cellfate2的？
單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
你好顽悼，有個(gè)疑問想請(qǐng)教下曼振，如果我只是想對(duì)你這圖中的分支點(diǎn)2進(jìn)行分析，cell fate2的細(xì)胞我知道是State4的細(xì)胞蔚龙，那怎么確定cell fate1是哪些細(xì)胞冰评，是只是State3的細(xì)胞還是后續(xù)State3 2 1主干上的細(xì)胞，或者是State3 2 1 6 7所有細(xì)胞
monocle2 擬時(shí)間分支點(diǎn)分析結(jié)果解讀How to map cell fate to branches? 擬時(shí)間分析結(jié)果有很多重要的結(jié)果木羹，但是這些結(jié)果如何解讀甲雅？比如下圖的分支點(diǎn)分析結(jié)果： 從圖中可以看到，行代表基...
你這個(gè)熱圖上說的Pre-branch細(xì)胞是State1 2 3有問題坑填，按照github作者的回復(fù)應(yīng)該只是包括State1 3
scRNA-seq擬時(shí)分析 || Monocle2 踩坑教程擬時(shí)（pseudotime）分析抛人，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程脐瑰，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
你好函匕，想請(qǐng)問下跑這步時(shí)報(bào)錯(cuò)是什么原因
···
sim <- fitGAM(sim)
Error in .local(counts, ...) :
For now tradeSeq only works downstream of slingshotin this format.
Consider using the method with a matrix as input instead.
···
NBIS系列單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)（八）：擬時(shí)序細(xì)胞軌跡推斷第八節(jié)：擬時(shí)序細(xì)胞軌跡推斷 在本節(jié)教程中，我們將學(xué)習(xí)如何通過擬時(shí)序分析推斷細(xì)胞分化軌跡蚪黑。slingshot包可以對(duì)單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行細(xì)胞分化譜系構(gòu)建和偽時(shí)間推斷盅惜，它...
可以用這個(gè)命令先進(jìn)行分組，然后再使用FindMarkers函數(shù)求組間差異
```
integrated$group<-ifelse(integrated@assays$RNA@counts['gene',]>0,'group1','group2')
```
Seurat學(xué)習(xí)與使用（一）簡(jiǎn)介 ??Seurat是一個(gè)r包忌穿，被設(shè)計(jì)用于單細(xì)胞rna-seq數(shù)據(jù)的細(xì)胞質(zhì)控和分析抒寂。Seurat旨在使用戶能夠識(shí)別和解釋單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的異質(zhì)性來源，同時(shí)提供整合不同類型...
@Wind_2a35 需要準(zhǔn)備下配置文件 perl ./homer/configureHomer.pl -install mm10
利用HOMER預(yù)測(cè)目標(biāo)序列的motif（從運(yùn)行程序到結(jié)果解讀掠剑，以及注意事項(xiàng)）關(guān)于查找motif屈芜，目前有很多種軟件可以進(jìn)行預(yù)測(cè)。我所在的實(shí)驗(yàn)室通常使用FIMO（MEME套件里的一個(gè)）朴译，但是有很多文獻(xiàn)里也提到了HOMER這個(gè)軟件井佑，并且不乏一些影響因子很高...
@那片天很藍(lán) Merge_data這個(gè)seurat對(duì)象里面就有的，代表樣本信息眠寿，在meta.data槽下
Seurat學(xué)習(xí)與使用（一）簡(jiǎn)介 ??Seurat是一個(gè)r包躬翁，被設(shè)計(jì)用于單細(xì)胞rna-seq數(shù)據(jù)的細(xì)胞質(zhì)控和分析。Seurat旨在使用戶能夠識(shí)別和解釋單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的異質(zhì)性來源盯拱，同時(shí)提供整合不同類型...
您好盒发，我使用diffbind運(yùn)行這句命令出現(xiàn)以下錯(cuò)誤，由于軟件封裝的deseq2狡逢，想問下有沒有快速的解決的方法
Error in estimateSizeFactorsForMatrix(counts(object), locfunc = locfunc, : every gene contains at least one zero, cannot compute log geometric means
```
tmp<-dba.contrast(tmp,categories=DBA_TREATMENT,minMembers=2)
```
ChIP 差異peak 腳本（DESeq2&DiffBind）ChIP-seq-analysisIn-depth-NGS-Data-Analysis-Course 以下使用DESeq2 & DiffBind R 包宁舰，來分析差異的peak...
你看下你的seurat對(duì)象的Idents是不是分群的，如果不是需要換過來
Seurat學(xué)習(xí)與使用（一）簡(jiǎn)介 ??Seurat是一個(gè)r包奢浑，被設(shè)計(jì)用于單細(xì)胞rna-seq數(shù)據(jù)的細(xì)胞質(zhì)控和分析蛮艰。Seurat旨在使用戶能夠識(shí)別和解釋單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的異質(zhì)性來源，同時(shí)提供整合不同類型...
2018年Cell Systems文章：Dissection of Influenza InfectionInVivoby Single-Cell RNA Sequencin...
我所理解的cellranger軟件理想原始輸入數(shù)據(jù)就是SRA格式雀彼，然后利用sra-tools分為read壤蚜、barcode+UMI、index三個(gè)fastq.gz文件详羡。最后直接...
