大家好政基，今天周日踊谋。最近發(fā)現(xiàn)有些單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)結(jié)果不是很好索守，或許在作者取樣的時(shí)候烛芬，就注定了后續(xù)的生信分析不會(huì)太成功~ 本次主要發(fā)現(xiàn)一個(gè)數(shù)據(jù)集中出現(xiàn)一大群紅細(xì)胞基因高表達(dá)亞群，對(duì)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：山西
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你知道紅細(xì)胞基因?qū)渭?xì)胞分析的影響嗎
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孟德?tīng)栯S機(jī)化法（Mendelian randomization method）寫在前面：知識(shí)真是越看越多浸卦，聰明的人類總能想出各種辦法來(lái)尋找這世界萬(wàn)物中的各種聯(lián)系程帕。文獻(xiàn)中讀到Mendelian randomization method and a Men...
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10X單細(xì)胞空間分析回顧之SPOTlight一年了，我們都需要總結(jié)瞳氓，這一篇我們回顧一下SPOTlight策彤，非常好的方法栓袖，建議大家也總結(jié)一下，看看2021年店诗，自己都得到了什么裹刮。 SPOTlight 的目標(biāo)是提供一種工具，...
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GO.db:存儲(chǔ)Gene Ontology信息的R包
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! 在生信分析領(lǐng)域庞瘸，R語(yǔ)言由于其簡(jiǎn)單易用的特點(diǎn)和良好的生態(tài)環(huán)境捧弃，占用重要的一席之地。其中擦囊，Bioconductor作為生信分析專用的R語(yǔ)言社區(qū)违霞，提供了...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-1：CellphoneDB常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]：是公開(kāi)的人工校正的，儲(chǔ)存受體瞬场、配體以及兩種相互作用...
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單細(xì)胞測(cè)序揭示成纖維細(xì)胞（fibroblast ）異質(zhì)性隨著單細(xì)胞數(shù)據(jù)的不斷積累和轉(zhuǎn)化买鸽，拿一個(gè)組織畫個(gè)圖譜的草莽時(shí)代已經(jīng)基本一去不復(fù)返了。往深了做的一個(gè)方面就是做某個(gè)細(xì)胞類型的圖譜贯被。特別是對(duì)那些異質(zhì)性較高的細(xì)胞類型眼五。 例如，我們熟...
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R語(yǔ)言可視化（三十八）：ROC曲線圖繪制38. ROC曲線圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用ROCR包繪制ROC曲線 使用pROC包繪制ROC曲線圖 使用survivalROC包繪制時(shí)間依賴的ROC曲線
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scRNAseq雙細(xì)胞去除-1: DoubletFinder10x平臺(tái)的雙細(xì)胞率（符合泊松分布1）： 根據(jù)Poisson分布彤灶，單個(gè)液滴包含超過(guò)一個(gè)細(xì)胞（doublets或multiplets）的頻率隨著上機(jī)細(xì)胞的濃度而改變看幼。通常如果上...
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總結(jié)一下手動(dòng)安裝R包在R語(yǔ)言上安裝R包的時(shí)候，總是會(huì)遇到安裝報(bào)錯(cuò)幌陕，其實(shí)很多時(shí)候都是因?yàn)镽語(yǔ)言版本和R包版本不匹配導(dǎo)致的诵姜，這時(shí)候就需要自己手動(dòng)安裝R包了，查了好多網(wǎng)頁(yè)文章苞轿，方法很多很雜茅诱，現(xiàn)在來(lái)總結(jié)...
