寫在前面 早前已經(jīng)推過《新手eggNOG-Mapper詳細(xì)教程》磕洪，但仍然有很多人遇到使用問題拆火。換句話深碱，可能那個教程不能徹底解決大伙遇到的問題理肺。于是我決定寫一個完美的教程击儡，徹底...
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零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM... -
2023-12-23GO&KEGG富集分析eggNOG-mapper功能注釋eggNOG-mapper功能注釋 http://eggnog-mapper.embl.de/[http://eggnog-mapper.embl.de/] eggNOG (...
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E. coli ST1193比較基因組文章 標(biāo)題：Phylogenetic Analysis Reveals Distinct Evolutionary Trajectories of the Fluoroqui...
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R packages：phyloseq（三） 16s 擴(kuò)增子β多樣性分析導(dǎo)入數(shù)據(jù) PCoA 生成排序矩陣 碎石圖來查看排名前幾的軸的貢獻(xiàn)率 NMDS 非度量多維尺度分析
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R數(shù)據(jù)可視化: PCA和PCoA圖, 2D和3D前言 主成分分析(Principal Components Analysis袄秩，PCA)现柠，也稱主分量分析或主成分回歸分析法，是一種無監(jiān)督的數(shù)據(jù)降維方法双絮。PCA通過線性變換將原始...
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[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--主成分分析（PCA）本期內(nèi)容為[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--主成分分析（PCA） 主成分分析：PCA（Principal Component Analysis）是一種常用的數(shù)據(jù)分析方法浴麻。...
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R語言計算β多樣性指數(shù)及分析計算β多樣性指數(shù)需要用到phyloseq包。它的安裝方式不同于簡單的install.packages（“phyloseq”） 有兩種方法可以安裝 1.先安裝BiocManag...
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R語言：unifrac的計算
Unifrac是一個十分常用的衡量不同群落之間譜系結(jié)構(gòu)差異的指標(biāo)囤攀。在R語言中软免，計算unifrac的函數(shù)不只一種，不同函數(shù)之間有什么差別呢焚挠？本文目的就是對幾個常用的計算unif...
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R：Bray-Curtis PCoA導(dǎo)讀 Bary-Curtis PCoA降維分析菌群結(jié)構(gòu)膏萧。 一、輸入數(shù)據(jù) 1.1 菌屬豐度矩陣 1.2 樣品分組 二蝌衔、BC PCoA函數(shù) 三向抢、分析及結(jié)果 3.1 結(jié)果文件 3....
