1.什么是k-mer? k-mer:在生物信息學(xué)中辐赞,k-mers是包含在生物序列中的長度為k的子序列。 比如序列:GTAGAGCTGT,根據(jù)k值不同河闰,可得到以下k-mer科平。 ...
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作者:biofan審稿:童蒙編輯:amethyst 繼一文看懂病原微生物檢測(上篇)[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MjM5NTE4...
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RSEM RSEM是對基因進(jìn)行表達(dá)定量的一個軟件楣责,是基于STAR序列對比的基礎(chǔ)之上進(jìn)行的竣灌。而kallisto不需要進(jìn)行比對可以直接定量。 安裝 conda install r...
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一、簡介 Samtools是一個用于操作sam和bam格式文件的應(yīng)用程序集合房铭,具有眾多的功能驻龟。 它從SAM(序列比對/映射)格式導(dǎo)入和導(dǎo)出,進(jìn)行排序缸匪,合并和索引翁狐,并允許快速檢...
測序數(shù)據(jù)分析軟件,Bowtie是一個超快的凌蔬,存儲高效的短序列片段比對程序露懒。它能夠以每小時處理2500萬35bp reads的速度,將短的DNA序列片段(reads)比對到人類...