240 發(fā)簡信
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  • R語言中的機器學習

    1. 機器學習的訓練集和驗證集拆分 需要一個R包:caret 代碼: library(caret) set.seed(12) #按照75%的比例拆分數(shù)據(jù)集痴荐,data為原始數(shù)據(jù)...

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    如何給熱圖heatmap添加指定的標簽日麸?

    當我們畫熱圖(heatmap)的時候,如果基因的名字比較多的時候,在熱圖中展示的話代箭,就會出現(xiàn)名字重疊的情況墩划,針對這個情況,我們有兩種比較好的解決辦法嗡综,第一是在熱圖中僅顯示關注...

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    文章復現(xiàn)進程3

    這篇一部分復現(xiàn)的文章是Comprehensive Analysis of the Expression and Prognosis for E2Fs in Human Bre...

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    DAVID富集分析及R語言可視化

    DAVID富集分析 DAVID富集支持多種基因名類型乙帮,本次以genesymbol為例 DAVID:https://david.ncifcrf.gov/ 進入之后跟著以下步驟操...

  • R語言-均值填充缺失值

    在基因芯片數(shù)據(jù)或其他類型數(shù)據(jù)中,采用計算所有樣本的平均值從而進行填充极景,如果需要用中位數(shù)或其他統(tǒng)計量填充時只需修改相應的方法即可 #1. 檢查是否有缺失值 which(is.n...

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    GSEA的分析匯總-轉載

    GSEA的分析匯總 學習GSEA 生信技能樹 GSEA的統(tǒng)計學原理試講 GSEA GSEA這個java軟件使用非常方便察净,只需要根據(jù)要求做好GCT/CLS格式的input文件就...

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    R語言繪圖包07--多集合可視化UpSetR

    R語言繪圖包系列: R語言繪圖包01--優(yōu)秀的拼圖包patchwork[http://www.reibang.com/p/e57555d48c91] R語言繪圖包02--熱...

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    R語言-limma差異分析與heatmap繪制

    #mRNA表達矩陣與GROUP文件樣式氢卡,heatmap樣式見文章最后 library(limma) mRNA <- read.table("表達矩陣.txt",sep = "...

  • R語言-均值合并多個探針對應一個基因

    數(shù)據(jù)框:mRNA; 基因名列:Symbol(在該數(shù)據(jù)框最后一列)晨缴; results = t(sapply(split(mRNA,mRNA$Symbol),function(x...

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    單細胞RunPCA()結果解讀+DimHeatmap的用法

    單細胞繪圖系列: Seurat繪圖函數(shù)總結[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...

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    《機器學習與R語言實戰(zhàn)》筆記匯總

    簡介 這本書是一位韓國的數(shù)據(jù)科學家寫的書译秦,書并不新,幾年前的击碗,虛擬機都已經(jīng)過時筑悴,但全書讀下來最大的感受是內(nèi)容寫的很詳細,可以照著步驟實踐稍途,加深了對機器學習的理解阁吝,或者說是一本...

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    三種差異分析的整理

    針對測序數(shù)據(jù)和芯片數(shù)據(jù)与境,目前常用差異分析的R包有edgeR、limma猖吴、DESeq2摔刁,做一簡單比較,方便平時分析海蔽。內(nèi)容多為搬運共屈,主要方便下次尋找。 1. 三種分析方法的比較 ...

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