在做單細(xì)胞分析時(shí)偏塞，無論是用monocle3還是2盗扇，都會(huì)出現(xiàn)各種各樣的問題，記錄一下解決過程 monocle3： 問題1 在用 和 時(shí)溜在，會(huì)遇到和 leiden相關(guān)的問題缴守。 解決...
IP屬地：廣東
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monocle中遇到的問題
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單細(xì)胞加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析scWGCNA-01scWGCNA是一個(gè)生物信息學(xué)工作流程沾凄，是R包WGCNA[https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork...
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R: ggtree (四) ggtreeExtra本文整理至ggtreeExtra文檔喜滨，僅用于學(xué)習(xí) 作者：Shuangbin Xu and GuangChuang Yu鏈接：https://bioconductor.org/...
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【r<-包】ComplexHeatmap（4）：熱圖注釋Author: Zuguang Gu ( z.gu@dkfz.de )翻譯：詩翔Date: 2018-10-30 圖形注釋非常常用。熱圖注釋唯一相同的特征是它們對(duì)齊熱圖的列或...
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網(wǎng)絡(luò)配置錯(cuò)誤
我很長時(shí)間不配置網(wǎng)絡(luò)的東西冶匹，今天我在網(wǎng)上搜了一個(gè)配置ip頁面习劫，配置的時(shí)候出現(xiàn)了錯(cuò)誤，我是這么一步步錯(cuò)的 首先嚼隘，我的系統(tǒng)是centos7 1.我先復(fù)制了配置IP的文件了 # c...
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.7IsoformSwitchAnalyzeR包（1）IsoformSwitchAnalyzeR包是2019年才發(fā)布的一個(gè)分析包诽里，更充分地發(fā)揮了RNA-seq數(shù)據(jù)的價(jià)值。學(xué)習(xí)筆記參考官方文檔飞蛹，示例文件參考R包內(nèi)嵌數(shù)據(jù)谤狡；回校后再利...
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.8IsoformSwitchAnalyzeR包（2）在之前的步驟中，已經(jīng)篩選出感興趣的轉(zhuǎn)錄本信息卧檐，并添加了多種注釋了墓懂。接下來就可以做最后的分析了，比如哪個(gè)基因的轉(zhuǎn)錄本信息變化最大泄隔，如何變化拒贱。由于之前的示例文件包含基因數(shù)比較少，...
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RcisTarget || 從基因列表到調(diào)控網(wǎng)絡(luò)單細(xì)胞技術(shù)正在加強(qiáng)我們對(duì)細(xì)胞本身的理解佛嬉。什么是細(xì)胞類型逻澳，不就是基因選擇性表達(dá)的結(jié)果嗎？而基因的選擇表達(dá)受到一系列的轉(zhuǎn)錄調(diào)控暖呕，在這個(gè)意義上斜做，細(xì)胞命運(yùn)背后的驅(qū)動(dòng)力在于各自轉(zhuǎn)錄因子...
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關(guān)于 ChIPseeker 注釋轉(zhuǎn)錄因子 Peak 的一點(diǎn)思考個(gè)人觀點(diǎn)：將 ignoreDownstream 和 ignoreUpstream 的結(jié)果取并集更好的能代表 TF 結(jié)合的靶基因啟動(dòng)子區(qū)？湾揽？希望明天服務(wù)器早點(diǎn)恢復(fù)瓤逼，看另外一個(gè)結(jié)...
