在做單細(xì)胞分析時(shí)搬瑰，無(wú)論是用monocle3還是2甥厦，都會(huì)出現(xiàn)各種各樣的問(wèn)題臭挽，記錄一下解決過(guò)程 monocle3： 問(wèn)題1 在用 和 時(shí)擦秽，會(huì)遇到和 leiden相關(guān)的問(wèn)題。 解決...
IP屬地：浙江
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monocle中遇到的問(wèn)題
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不看私信<br>看不到的文章是被簡(jiǎn)書(shū)鎖了
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單細(xì)胞加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析scWGCNA-01scWGCNA是一個(gè)生物信息學(xué)工作流程，是R包WGCNA[https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork...
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不做無(wú)條件咨詢(xún)，見(jiàn)諒
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R: ggtree (四) ggtreeExtra本文整理至ggtreeExtra文檔嫩与，僅用于學(xué)習(xí) 作者：Shuangbin Xu and GuangChuang Yu鏈接：https://bioconductor.org/...
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個(gè)人wx公眾號(hào)：木舟筆記划滋。
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【r<-包】ComplexHeatmap（4）：熱圖注釋Author: Zuguang Gu ( z.gu@dkfz.de )翻譯：詩(shī)翔Date: 2018-10-30 圖形注釋非常常用根资。熱圖注釋唯一相同的特征是它們對(duì)齊熱圖的列或...
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網(wǎng)絡(luò)配置錯(cuò)誤
我很長(zhǎng)時(shí)間不配置網(wǎng)絡(luò)的東西，今天我在網(wǎng)上搜了一個(gè)配置ip頁(yè)面同窘，配置的時(shí)候出現(xiàn)了錯(cuò)誤玄帕，我是這么一步步錯(cuò)的 首先，我的系統(tǒng)是centos7 1.我先復(fù)制了配置IP的文件了 # c...
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個(gè)人學(xué)習(xí)筆記，網(wǎng)上都能找到丧没，僅是自己學(xué)習(xí)相關(guān)的記錄
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.7IsoformSwitchAnalyzeR包（1）IsoformSwitchAnalyzeR包是2019年才發(fā)布的一個(gè)分析包鹰椒，更充分地發(fā)揮了RNA-seq數(shù)據(jù)的價(jià)值。學(xué)習(xí)筆記參考官方文檔呕童，示例文件參考R包內(nèi)嵌數(shù)據(jù)漆际；回校后再利...
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太棒了??
RNA-seq學(xué)習(xí)：No.8IsoformSwitchAnalyzeR包（2）
在之前的步驟中，已經(jīng)篩選出感興趣的轉(zhuǎn)錄本信息拉庵，并添加了多種注釋了灿椅。接下來(lái)就可以做最后的分析了套蒂，比如哪個(gè)基因的轉(zhuǎn)錄本信息變化最大钞支，如何變化茫蛹。由于之前的示例文件包含基因數(shù)比較少，...
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.8IsoformSwitchAnalyzeR包（2）在之前的步驟中烁挟，已經(jīng)篩選出感興趣的轉(zhuǎn)錄本信息婴洼，并添加了多種注釋了。接下來(lái)就可以做最后的分析了撼嗓，比如哪個(gè)基因的轉(zhuǎn)錄本信息變化最大柬采，如何變化。由于之前的示例文件包含基因數(shù)比較少且警，...
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努力努力再努力~<br>個(gè)人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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RcisTarget || 從基因列表到調(diào)控網(wǎng)絡(luò)單細(xì)胞技術(shù)正在加強(qiáng)我們對(duì)細(xì)胞本身的理解斑芜。什么是細(xì)胞類(lèi)型肩刃，不就是基因選擇性表達(dá)的結(jié)果嗎？而基因的選擇表達(dá)受到一系列的轉(zhuǎn)錄調(diào)控杏头，在這個(gè)意義上盈包，細(xì)胞命運(yùn)背后的驅(qū)動(dòng)力在于各自轉(zhuǎn)錄因子...
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計(jì)算生物學(xué)呢燥、統(tǒng)計(jì)學(xué)、機(jī)器學(xué)習(xí)<br>
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2019.8月中旬開(kāi)始系統(tǒng)自學(xué)生信，<br>自學(xué)路漫漫索性報(bào)個(gè)班棘伴。<br><br>生信技能樹(shù)真的很棒寞埠！<br><br>這是我的一個(gè)學(xué)習(xí)筆記平臺(tái)，點(diǎn)滴記錄排嫌。
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關(guān)于 ChIPseeker 注釋轉(zhuǎn)錄因子 Peak 的一點(diǎn)思考個(gè)人觀點(diǎn)：將 ignoreDownstream 和 ignoreUpstream 的結(jié)果取并集更好的能代表 TF 結(jié)合的靶基因啟動(dòng)子區(qū)畸裳？？希望明天服務(wù)器早點(diǎn)恢復(fù)淳地，看另外一個(gè)結(jié)...
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ChIPseeker的upsetplot是怎么寫(xiě)的在距今2年前的一個(gè)日子里怖糊，我寫(xiě)了一篇關(guān)于upsetR的簡(jiǎn)單教程。兩年過(guò)去了颇象，這篇教程是百度搜索的第一位伍伤。 在這篇教程中，我定了一個(gè)計(jì)劃 下一期寫(xiě)一篇Y叔的upsetplot是...
