發(fā)簡信
IP屬地：河南
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hisat2吏廉、stringtie、ballgown分析RNA-seq數(shù)據(jù)：安裝及使用流程
參考文獻(xiàn):Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie ...
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生信 | 構(gòu)建物種的OrgDb寫在前面 本文主要參考生信小白2018[http://www.reibang.com/p/bb4281e6604e]與多啦A夢的時光機(jī)[https://www.jiansh...
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有參轉(zhuǎn)錄組分析
1hisat2 1.1介紹 ? 總體上來說HISAT利用了BWA和Bowtie的算法，同時解決了mRNA中不存在內(nèi)含子難以比對的問題康吵，比對上代主流RNA-seq比對工具能快5...
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2021-11-06從人見人愛的向日葵說起——Ks與全基因組多倍化事件向日葵是吃瓜群眾喜聞樂見的一種植物晦嵌，除了能夠長出朵朵葵花向太陽的萌萌大腦袋，還能結(jié)出令人愛不釋手的瓜子拷姿，無論干炒惭载、奶油、五香响巢，都很好吃描滔！不僅如此，向日葵還是重要的油料作物踪古，葵...
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全基因組復(fù)制 WGD |（二）Ka/Ks及4Dtv值計算轉(zhuǎn)自：http://www.reibang.com/p/9d28de3d18e6[http://www.reibang.com/p/9d28de3d18e6] 一含长、4Dt...
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【基因組】那些接收植物基因組de novo組裝文章的期刊(2021-3-18更新)
2021-3-18 update: 一個新的鐵皮石斛基因組發(fā)表在《藥學(xué)學(xué)報》英文版上拘泞，該期刊最新的影響因子為7.0972020-11-18 update: 黃芩和半枝蓮基因組...
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前兩年能投的現(xiàn)在都投不了了，現(xiàn)在投哪些合適呀蜈出？
【基因組】那些接收植物基因組de novo組裝文章的期刊(2021-3-18更新)
2021-3-18 update: 一個新的鐵皮石斛基因組發(fā)表在《藥學(xué)學(xué)報》英文版上田弥，該期刊最新的影響因子為7.0972020-11-18 update: 黃芩和半枝蓮基因組...
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多翻翻結(jié)果，文件里有擴(kuò)張收縮基因铡原，提取完之后再去用R做GO分析（這個網(wǎng)上有教程）
基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（上）
一偷厦、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先商叹，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa只泼；Dimocarpus_longan...
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從廣州到云南旅游攻略剖笙，不用3000~
從廣州到云南旅游攻略，不用3000~ 大家好请唱，我是魯七爺弥咪。 今天給大家分享一下去云南旅游的攻略，全程算下來十绑，我都沒用3000聚至，但是玩得好爽。 現(xiàn)在感覺大理的海本橙，大理的天扳躬，大理...
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WGD（全基因組復(fù)制）分析——Ka/Ks及4Dtv值計算一、4Dtv（四倍簡并位點顛換率）的定義 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
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mafft+iqtree構(gòu)建進(jìn)化樹
mafft可以用來進(jìn)行快速的序列比對，因為其可以設(shè)置多線程亏狰。具體的命令行如下： 接下來等著運算完就可以使用iqtree來建樹了役纹，具體命令行如下： -b指代的是bootstra...
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系統(tǒng)進(jìn)化樹的構(gòu)建一、多物種某基因家族的氨基酸序列fasta文件的準(zhǔn)備（此例為yth基因家族） 1.已鑒定物種的某基因家族文件的獲取 HMM文件準(zhǔn)備 查找pfam號如何查找基因家族pfam號：...
