單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
IP屬地：江蘇
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單細(xì)胞之富集分析-6：PROGENy -
基于R語言繪制Network幾種方式平時對于網(wǎng)絡(luò)圖的繪制腻格，一般我們都會在R中生成邊和點(diǎn)列表后導(dǎo)入到Cytoscape和Gephi等的本地工具軟件當(dāng)中礁哄，而R語言中也自帶有不少優(yōu)秀的包也可精美的可視化我們的數(shù)據(jù)事富，所...
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復(fù)現(xiàn)NC圖表：二分圖 (bipartite plot) 網(wǎng)絡(luò)繪制（三種方法）-應(yīng)用于細(xì)胞互作受配體展示-調(diào)控網(wǎng)絡(luò)展示等等如題，這個標(biāo)題有點(diǎn)長丛肮，首先我們需要展示的圖是bipartite plot，中文有叫二分圖、連線圖的欧瘪，總之就是展示兩組之間網(wǎng)絡(luò)關(guān)系〕自蓿可以應(yīng)用的地方有很多佛掖，不只是我們介紹的互作關(guān)...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-4：NicheNet常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體涌庭、配體以及兩種相互作用...
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Cytoscape可視化單細(xì)胞SCENIC結(jié)果：不同細(xì)胞類型上下調(diào)轉(zhuǎn)錄因子網(wǎng)絡(luò)圖運(yùn)行SCENIC參考文獻(xiàn)[https://mp.weixin.qq.com/s/QRXYjYl3YqoCTkeXBvXEuw]Cytoscape視頻教程[https://mp...
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Linux學(xué)習(xí)筆記(五)：解決.bashrc文件每次打開終端都需要source的問題
為什么每次打開Xshell終端芥被，都要source一下.bashrc? 為了弄明白這個問題，首先坐榆，我們需要搞明白Linux啟動時讀取配置文件的順序拴魄。在剛登錄Linux時，首先啟...
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基于Scanpy AnnData的細(xì)胞自動注釋：SCCAF對SCCAF的基本介紹[https://mp.weixin.qq.com/s/AnhKvVlr_2uzEz2jY_nNbA] 單細(xì)胞聚類評估框架（Single-Cell Cl...
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ROGUE：計(jì)算單細(xì)胞數(shù)據(jù)中細(xì)胞群的純度（異質(zhì)性）在非監(jiān)督的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中席镀，給定細(xì)胞cluster的均一性往往是不清楚的匹中，也就是說我們并不知道分出的一個cluster中是否是一種細(xì)胞，還是依然包含了多種細(xì)胞豪诲。因此有人提出了...
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R x相關(guān)性計(jì)算時缺失值的處理
我們拿到的觀測數(shù)據(jù)常常是有缺失值的顶捷，有時候基于數(shù)據(jù)分布是可以預(yù)測缺失值。有時候卻是不能屎篱，比如缺失值太多服赎，數(shù)據(jù)量太小。因此芳室，計(jì)算相關(guān)性時需要考慮到缺失值的使用专肪。在R中的基礎(chǔ)函數(shù)...
