單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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單細(xì)胞之富集分析-6：PROGENy -
基于R語言繪制Network幾種方式平時(shí)對(duì)于網(wǎng)絡(luò)圖的繪制，一般我們都會(huì)在R中生成邊和點(diǎn)列表后導(dǎo)入到Cytoscape和Gephi等的本地工具軟件當(dāng)中，而R語言中也自帶有不少優(yōu)秀的包也可精美的可視化我們的數(shù)據(jù)棒搜，所...
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復(fù)現(xiàn)NC圖表：二分圖 (bipartite plot) 網(wǎng)絡(luò)繪制（三種方法）-應(yīng)用于細(xì)胞互作受配體展示-調(diào)控網(wǎng)絡(luò)展示等等如題乐设，這個(gè)標(biāo)題有點(diǎn)長(zhǎng)晚树，首先我們需要展示的圖是bipartite plot稚晚，中文有叫二分圖崇堵、連線圖的，總之就是展示兩組之間網(wǎng)絡(luò)關(guān)系客燕≡Ю停可以應(yīng)用的地方有很多，不只是我們介紹的互作關(guān)...
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單細(xì)胞分析之細(xì)胞交互-4：NicheNet常用的細(xì)胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的幸逆，儲(chǔ)存受體、配體以及兩種相互作用...
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Cytoscape可視化單細(xì)胞SCENIC結(jié)果：不同細(xì)胞類型上下調(diào)轉(zhuǎn)錄因子網(wǎng)絡(luò)圖運(yùn)行SCENIC參考文獻(xiàn)[https://mp.weixin.qq.com/s/QRXYjYl3YqoCTkeXBvXEuw]Cytoscape視頻教程[https://mp...
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Linux學(xué)習(xí)筆記(五)：解決.bashrc文件每次打開終端都需要source的問題
為什么每次打開Xshell終端暮现，都要source一下.bashrc? 為了弄明白這個(gè)問題还绘，首先，我們需要搞明白Linux啟動(dòng)時(shí)讀取配置文件的順序栖袋。在剛登錄Linux時(shí)拍顷，首先啟...
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基于Scanpy AnnData的細(xì)胞自動(dòng)注釋：SCCAF對(duì)SCCAF的基本介紹[https://mp.weixin.qq.com/s/AnhKvVlr_2uzEz2jY_nNbA] 單細(xì)胞聚類評(píng)估框架（Single-Cell Cl...
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ROGUE：計(jì)算單細(xì)胞數(shù)據(jù)中細(xì)胞群的純度（異質(zhì)性）在非監(jiān)督的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中，給定細(xì)胞cluster的均一性往往是不清楚的塘幅，也就是說我們并不知道分出的一個(gè)cluster中是否是一種細(xì)胞昔案，還是依然包含了多種細(xì)胞尿贫。因此有人提出了...
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R x相關(guān)性計(jì)算時(shí)缺失值的處理
我們拿到的觀測(cè)數(shù)據(jù)常常是有缺失值的，有時(shí)候基于數(shù)據(jù)分布是可以預(yù)測(cè)缺失值踏揣。有時(shí)候卻是不能庆亡，比如缺失值太多，數(shù)據(jù)量太小捞稿。因此又谋，計(jì)算相關(guān)性時(shí)需要考慮到缺失值的使用。在R中的基礎(chǔ)函數(shù)...
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BBKNN：python單細(xì)胞樣本整合和批次效應(yīng)處理算法2020.09.09 本教程介紹了Scanpy包自帶的用于整合樣本娱局，并處理批次效應(yīng)的BBKNN算法和用于對(duì)比的ingest基礎(chǔ)算法彰亥。本文主要從函數(shù)的理解、軟件包的使用和結(jié)果的...
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就當(dāng)沒有事發(fā)生
工作群里一共26人衰齐，群主@了24人任斋，唯獨(dú)留一人沒有@，這個(gè)人會(huì)有想法嗎耻涛？ 有沒有想法我不知道废酷，但我的做法是當(dāng)無視。 既無視你的作法犬第，又無視你這么做的目的锦积。 人的大腦是會(huì)受胡思...
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愛，通過食物來表達(dá)
有一好友歉嗓，因?yàn)楣ぷ鞯脑蚍峤椋瑥钠咴轮醒腿チ速F州。 從她到貴州后鉴分，每天都會(huì)在群里給我們分享她的近況哮幢。 比如，她看到的風(fēng)景志珍，天氣的變化橙垢，尤其是品嘗到的美食。 這不伦糯，今天收到了她從...
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有時(shí)候慢一點(diǎn)柜某，反而比較快
我們單位有個(gè)同事，兩年前辭職了 這兩年前來不停地在換賽道敛纲，昨天聽到另一同事說喂击，今年投的項(xiàng)目又黃了，上個(gè)月徹底結(jié)束了 他們?cè)趪?guó)慶聚餐碰面淤翔，離職同事又看到了一個(gè)新項(xiàng)目翰绊，正請(qǐng)教這個(gè)...
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如何解決心態(tài)上的“飄”
你看這個(gè)人有點(diǎn)“飄”监嗜，當(dāng)你聽到這樣的話時(shí)谐檀，你的看法多半是，這個(gè)人有點(diǎn)得意和驕傲了裁奇。 但還有一種“飄”的表現(xiàn)形式是桐猬，放棄努力，不思進(jìn)取框喳，覺得現(xiàn)狀很好课幕，躺平的心態(tài)也叫“飄”。 用...
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如何給Seurat對(duì)象的基因重命名五垮？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中乍惊，必要的一步是對(duì)每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋，這相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽放仗，或者說起個(gè)別名润绎，這些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改細(xì)胞名字诞挨，S...
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從gtf提取ENSEMBL ID和transcript ID以及SYMBOL對(duì)應(yīng)關(guān)系做可變剪切分析時(shí)莉撇，會(huì)依次進(jìn)行基因水平和轉(zhuǎn)錄本水平的差異分析，最后通常需要進(jìn)行ENSEMBL ID和 transcript ID (ENSEMBLTRANS)以及gene sy...
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使用seqkit批量替換序列ID
在進(jìn)行組裝和比對(duì)過程中惶傻，要將測(cè)序ID替換成物種學(xué)名棍郎，一個(gè)一個(gè)替換太慢了，發(fā)現(xiàn)seqkit有這個(gè)功能银室。 seqkit replace --ignore-case --kv-fi...
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SeuratData內(nèi)置數(shù)據(jù)集的安裝使用
SeuratData SeuratData是一種使用R的內(nèi)部軟件包和數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)以Seurat對(duì)象形式分發(fā)數(shù)據(jù)集的機(jī)制涂佃。它為用戶提供了一種訪問Seurat小插曲中使用的數(shù)據(jù)集...
