在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中拧簸，在確定細(xì)胞類型后揖闸，除了可以進(jìn)行差異表達(dá)基因分析外饭于，還可以針對(duì)單個(gè)細(xì)胞類型進(jìn)行分析特定分析熏瞄，這時(shí)就需要我們提取細(xì)胞子集分開(kāi)處理了。 一决乎、Seurat數(shù)據(jù)格式...
發(fā)簡(jiǎn)信
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Seurat取子集時(shí)會(huì)用到的函數(shù)和方法 -
單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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scRNA-seq擬時(shí)分析 || Monocle2 踩坑教程擬時(shí)（pseudotime）分析吃衅，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過(guò)擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過(guò)程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過(guò)程慰技，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(15): 基于monocle2的擬時(shí)序分析關(guān)于什么是“擬時(shí)序分析”椭盏，可以參考本期推送的另一篇推文。這一篇直接演示代碼 monocle2這個(gè)軟件用得太多了吻商，很多文章都是monocle2的圖掏颊。因?yàn)橹皇褂帽磉_(dá)矩陣作為輸入，...
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RNA-seq名詞解釋（1）
一、基本概念 RNA-seq即轉(zhuǎn)錄組測(cè)序[https://baike.baidu.com/item/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84%E6%B5%8B%...
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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（零）：RNA-seq流程前的準(zhǔn)備——Linux與R的環(huán)境創(chuàng)建前言：進(jìn)行RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)首先需要有一定的linux與R基礎(chǔ)乌叶，推薦跟著B(niǎo)站生信技能樹(shù)-jimmy老師學(xué)習(xí)打牢基礎(chǔ)：【生信技能樹(shù)】生信人應(yīng)該這樣學(xué)linux(更新至第14...
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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（六）：GO盆偿、KEGG富集分析與enrichplot超全可視化攻略本節(jié)概覽：1.獲取DEG結(jié)果的上下調(diào)差異基因2.bitr()函數(shù)轉(zhuǎn)化基因名為entrez ID3.利用clusterProfiler進(jìn)行KEGG與GO富集4.用enrichp...
