1丈秩、數(shù)據(jù)在不同環(huán)境中的兼容情況 目前V5版本的環(huán)境可以兼容V3版本的數(shù)據(jù)珍特，但是V3環(huán)境中導(dǎo)入V5環(huán)境會(huì)報(bào)錯(cuò)（缺依賴包）。目前有兩種方式新建R對(duì)象數(shù)據(jù)CreateSeuratO...
IP屬地：四川
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seurat V5升級(jí)：一些常見報(bào)錯(cuò) -
關(guān)于運(yùn)行monocle的報(bào)錯(cuò)
跑monocle的時(shí)候，使用pData和fData函數(shù)時(shí)發(fā)現(xiàn)如下報(bào)錯(cuò) Error in h(simpleError(msg, call)) : error in evalu...
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10X單細(xì)胞軌跡分析（擬時(shí)分析）之cytotracehello剪返，大家好，這次我們來(lái)分享一下做軌跡分析的軟件----CytoTRACE,文章在Single-cell transcriptional diversity is a ...
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單細(xì)胞之軌跡分析-5：slingshot軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 單細(xì)胞之軌跡分析-2：mono...
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使用fastp進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)控
fastp是一款較新的數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件，接觸這個(gè)軟件也是由于目前市場(chǎng)的軟件各有功能但是功能都不是很全十饥，譬如最近接觸到一個(gè)RNAseq數(shù)據(jù)，質(zhì)量較差祖乳，需要去除接頭而且含N較多逗堵，序列...
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【單細(xì)胞軌跡分析】monocle2其實(shí)在前面也提到過Pseudotime分析，擬時(shí)間序列分析（Pseudotime分析）是通過構(gòu)建細(xì)胞間的變化軌跡來(lái)重塑細(xì)胞隨著時(shí)間的變化過程眷昆。從具體的分類分析和復(fù)雜程度來(lái)說(shuō)蜒秤，...
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scanpy官方教程2022||01-Preprocessing and clustering 3k PBMCs學(xué)習(xí)資料來(lái)源： scanpy主頁(yè)：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io...
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Keras基于深度學(xué)習(xí)預(yù)測(cè)G4序列前言 今天介紹的這篇文章是關(guān)于用深度學(xué)習(xí)的方法預(yù)測(cè)G4序列的軟件DeepG4，作者將該問題轉(zhuǎn)換成分類問題亚斋，文章鏈接：《DeepG4: A deep learning appr...
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Sincast：利用bulk RNAseq定義細(xì)胞功能亞群前言 說(shuō)到對(duì)單細(xì)胞亞群進(jìn)行定義作媚，那對(duì)很多分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)的小伙伴來(lái)說(shuō)都是最頭疼的事情之一了。因?yàn)槎x細(xì)胞的正確與否直接關(guān)系到后續(xù)分析所有結(jié)果的準(zhǔn)確性帅刊，所以針對(duì)單細(xì)胞注釋的解決方...
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【原創(chuàng)】R語(yǔ)言實(shí)戰(zhàn)：read counts如何轉(zhuǎn)化為TPM和FPKM, TPM和FPKM相互轉(zhuǎn)化
載入數(shù)據(jù) mycounts<-read.csv("2020武漢加油.csv")head(mycounts)rownames(mycounts)<-mycounts[,1]my...
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DPT：diffusion pseudotime||擴(kuò)散偽時(shí)間重建單細(xì)胞譜系分支Haghverdi L, B ttner M, Wolf FA, Buettner F, Theis FJ. Diffusion pseudotime robustly re...
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多順反子：IRES和2A Peptides
單順反子（monocistron）:真核基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物為單順反子，即一個(gè)基因編碼一條多肽鏈或RNA鏈袍嬉，每個(gè)基因轉(zhuǎn)錄有各自的調(diào)節(jié)元件境蔼。 多順反子（polycistronicmRN...
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scRNA-seq擬時(shí)分析 || Monocle2 踩坑教程擬時(shí)（pseudotime）分析民逼，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程涮帘，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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單細(xì)胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實(shí)操軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.reibang.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時(shí)間序列分析（Pseudot...
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RNA velocity分析練習(xí)（三）生成loom文件
系列回顧：1.RNA velocity分析練習(xí)（一）文件下載以及預(yù)處理2.RNA velocity分析練習(xí)（二）軟件安裝 Velocyto軟件針對(duì)不同測(cè)序平臺(tái)拼苍，有不同的方法進(jìn)...
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R-ggplot2-箱圖系列（2） 注釋P值與組間比較R-ggplot2-箱圖系列（1） basic - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[http://www.reibang.com/p/bafbd08b28ef]R-ggp...
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努力努力再努力~<br>個(gè)人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
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RNA速率：使用Seurat的結(jié)果做RNA velocity參考鏈接:https://github.com/velocyto-team/velocyto.R[https://github.com/velocyto-team/veloc...
