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@eedfcdf92db1 單個(gè)基因集啥意思框弛？
【R>>ssGSEA】制作GSEA需要的gmt文件
GSEA文件有8類基因集辛辨，基本上可以解決80%-90%用到的問題，當(dāng)然瑟枫，我們都還有個(gè)性化需求斗搞，這個(gè)時(shí)候就需要我們自己動(dòng)手啦。先來觀察下GSEA需要的gmt文件格式(h.all...
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【R>>ggplot2】去掉legend在ggplot2畫圖過程中慷妙，有時(shí)候需要去掉legend僻焚，這個(gè)時(shí)候怎么辦呢？這個(gè)情況需要在theme()中找legend.position函數(shù)來幫忙膝擂。當(dāng)設(shè)置legend.pos...
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GSEA軟件的二次作圖我們知道溅呢，用GSEA的java軟件分析的結(jié)果之后，默認(rèn)的圖是png猿挚，而且只有72 dpi，比如下面這樣的 其實(shí)顏值也還好驶鹉，但是很模糊绩蜻，這是很不方便用于發(fā)文章的，那么有沒有一些...
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使用log2FC排序的基因集進(jìn)行GSEA分析目前做GSEA主要有兩種辦法室埋，一種是使用GSEA的java軟件办绝，另一種是使用R語(yǔ)言包，當(dāng)時(shí)還有在線的工具做GSEA的數(shù)據(jù)也有兩種姚淆，一種是有基因表達(dá)矩陣和分組孕蝉，另一種是使用兩列...
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@DrZzzzz 沒
免疫01：預(yù)后模型+肺癌（7.36分）
免疫分析一直是腫瘤研究的熱點(diǎn)，下面就來看一篇中規(guī)中矩的免疫基因加預(yù)后分析的文章腌逢。題目：Clinical significance and inflammatory lands...
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Q：非腫瘤>>IC/BPS間質(zhì)性膀胱炎降淮？無意中看到一篇關(guān)于IC/BPS的非腫瘤文章，還有臨床驗(yàn)證搏讶，非常值得模仿佳鳖。 Title: Bruton tyrosine kinase (BTK) may be a poten...
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首次揭示 SLC22A12 可能是抑制 ccRCC 進(jìn)展的診斷和預(yù)后生物標(biāo)志物Low Expression Levels of SLC22A12 Indicates a Poor Prognosis and Progresses Clear Cell ...
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Seurat對(duì)象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)1佛寿、標(biāo)準(zhǔn)流程里面的過濾三步驟，也可以用 SCTransform 代替 Seurat基本教程[Seurat%E5%9F%BA%E6%9C%AC%E6%95%99%E7%A8%8...
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有示例數(shù)據(jù)嗎但壮？
單細(xì)胞富集分析
個(gè)生物過程通常是由一組基因共同參與冀泻，而不是由單個(gè)基因獨(dú)自完成，常見的富集分析有g(shù)o蜡饵，kegg弹渔，gsea，gsva等溯祸，我們?cè)谶@里可以嘗試進(jìn)行測(cè)試測(cè)試1：GO(gene onto...
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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（一）：上游數(shù)據(jù)下載苗傅、格式轉(zhuǎn)化和質(zhì)控清洗本節(jié)概覽：1.在文章中找到 GEO accession number, 從NCBI獲取數(shù)據(jù)SRR號(hào)2.在linux中使用prefetch命令根據(jù)SRR號(hào)下載SRA文件3.使用...
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R語(yǔ)言~高級(jí)PCA分析主成分分析，不只需要找到幾個(gè)虛擬但不知具體為何物的主成分因子班巩，還需要知道我們提供的變量在各個(gè)主成分因子上的載荷（有正有負(fù)）和貢獻(xiàn)度渣慕，以及具體保留多少個(gè)主成分因子才能既盡量保留...
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【R>>scRNA】單細(xì)胞交響樂2-從實(shí)驗(yàn)到下游分析workflow一直在路上，人生才會(huì)充滿無限可能。 先定個(gè)小目標(biāo)摇庙，系統(tǒng)的學(xué)習(xí)完劉小澤老師的《單細(xì)胞交響樂1-31》[http://www.reibang.com/p/70b45492d29...
