原理我們已經(jīng)在前文中討論過了习瑰，這次主要是代碼實戰(zhàn) 1. 定義一個數(shù)據(jù)集 2. PCA主函數(shù) 3. 選出值最高的兩個PC 我們在PCA原理部分已經(jīng)講過了，十個樣本秽荤，會產(chǎn)生10...
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用R做主成分分析（PCA）及基本參數(shù)的選擇 -
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WGCNA構(gòu)建基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)詳細(xì)教程這篇文章更多的是對于混亂的中文資源的梳理，并補(bǔ)充了一些沒有提到的重要參數(shù)窃款，希望大家不會踩坑课兄。 1. 簡介 1.1 背景 WGCNA（weighted gene co-expr...
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RNA-seq分析：從軟件安裝到富集分析詳細(xì)過程
RNA-seq分析簡潔版[http://www.reibang.com/p/72c871663e62],用重新下載的肝癌數(shù)據(jù)[https://www.ncbi.nlm.ni...
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RNA-seq完整分析過程linux基本命令 第六章 Linux文件與目錄管理 極客學(xué)院服務(wù)器 高通量相關(guān)基礎(chǔ)知識 生信一百講 1、 Anaconda Anaconda是一個Python下和Canop...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘小嘗試：（三）利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析clusterProfiler 是業(yè)界大神Y叔寫的一個R包晨继，可以用來做各種富集分析烟阐，如GO、KEGG紊扬、DO（Disease Ontology analysis）蜒茄、Reacto...
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淺探富集分析中的超幾何分布當(dāng)我們從測序數(shù)據(jù)中得到了一系列的基因后，我們需要研究這些基因都屬于那些通路餐屎，那些通路是跟我們研究課題相關(guān)的檀葛。為了解決這一問題，最常用的做法就是做通路注釋然后做通路富集分析腹缩，看...
