在這個clusterProfiler包里
GO弱睦，KEGG凹耙，DO富集分析這是我聽B站鯪魚不會飛視頻（GO肤晓，KEGG唯袄，DO富集分析）里的筆記哦~當然有的地方加上的是我自己的理解岔绸，如果哪里和視頻上講的不一樣那是我自己發(fā)揮的秦忿，自行忽略.... 市面上公...
IP屬地：廣東
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簡書是我在學習別人東西的過程中記筆記的地方制轰，以便自己不斷查閱復習，同時通過不斷的輸出來暴露自己的短處從而不斷的進步胞谭。大家留言問的問題我都看到了垃杖，沒有回復是因為自己學藝不精不能準確答復，望諒解~
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GO丈屹，KEGG调俘，DO富集分析這是我聽B站鯪魚不會飛視頻（GO，KEGG遂庄，DO富集分析）里的筆記哦~當然有的地方加上的是我自己的理解茬斧，如果哪里和視頻上講的不一樣那是我自己發(fā)揮的瑟啃，自行忽略.... 市面上公...
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您好，想問一下getBM()函數(shù)一直運行出錯骇钦，如何使用select函數(shù)輸出，用的是哪個R包的select函數(shù)呀竞漾。謝謝眯搭！
使用biomaRt進行ID轉(zhuǎn)化
biomart使用說明：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/biomaRt/inst/do...
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生物基礎知識-CDS叨襟、ORF繁扎、啟動子、終止子、轉(zhuǎn)錄因子梳玫、UTR劉小澤寫于2020.2.8大概回顧一下基礎知識 一：ORF與CDS ORF：open reading frame（開放閱讀框） 它是理論上的蛋白編碼區(qū)爹梁，一般是先在DNA序列中...
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1-使PPT字體有鏤空感啦啦啦我又回來啦，簡書簡直就是我的小空間提澎，堅持做學習筆記同時還可以讓更多有需要的小伙伴看到姚垃，真的是十分開心！好啦盼忌，咱們直奔主題吧~~ 當你制作年終PPT或者答辯PPT的時候积糯，...
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生信小白--關于批次效應的學習及實戰(zhàn)參考教程：微信公眾號：生信星球批次效應處理實例：combat和removebatcheffect的對比 特別感謝：人美心善愛護小白的花花老師小潔忘了怎么分身 作為一個非常想搞...
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好像GEO有的數(shù)據(jù)集沒有分組情況，只有一組谦纱，這些也可以用作batch嗎看成？
去除批次效應
我需要把多個數(shù)據(jù)集的數(shù)據(jù)合到一起怎么辦？直接inner_join()或者cbind()就可以拿來用嗎跨嘉？當然不行川慌！進行進一步分析之前，你還得去除一下批次效應祠乃！不同數(shù)據(jù)集在不同批...
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如果不知道哪些是正常梦重，哪些是癌癥的，那應該怎么分組亮瓷？同樣是下載的GEO表達矩陣
關于GEO的分組矩陣與對比問題
當下載完GEO數(shù)據(jù)琴拧，并做好數(shù)據(jù)整理后，得到了行名為SYMBOL嘱支，列名為SAMPLE的基因表達矩陣（已去重蚓胸，log2等），現(xiàn)在就要開始進行差異表達分析斗塘。分組表達矩陣赢织，告訴代碼，...
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3-paste和paste0函數(shù)
R語言中許多字符串使用 paste() 函數(shù)來組合馍盟，因為它可以將任意數(shù)量的參數(shù)組合在一起于置。基本語法paste(..., sep = " ", collapse = NULL)...
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學習小組Day7筆記-小白之測序知識啦啦啦贞岭，時間過得真快呀八毯，今天就是學習小組的最后一天了，這幾天下來學到的知識還是蠻多的瞄桨，感謝生信星球的豆豆和花花呀话速。今天主要是學習了測序知識。 今天真的了解和學習到了很多測序的...
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2-gsub()函數(shù)——替換字符工具
要想批量替換一些字符串還需要在excel完成嗎芯侥？Nope,代碼也可哦泊交，今天又get到了一個新的知識點乳讥，認識了一個新的函數(shù)了，一起來學習一下吧~ gsub()可以用于字段的刪減...
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Rstudio 運行作圖后不顯示圖片怎么破
plot(1:5,1:5)理論上廓俭，左邊輸命令云石，右邊出圖片，完美研乒。實際上汹忠，plot，plot雹熬，plot宽菜，右邊無動于衷。哦好吧竿报。生活就是這么奇葩铅乡。運行一下這兩行應該會可以。我的解...
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TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選烈菌，多因素cox建模隆判，時間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
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測序的世界測序的世界很奇妙，不同的數(shù)據(jù)處理可能得出不同的結(jié)論僧界，入門生信首先要做的就是了解你的數(shù)據(jù)還等什么？跟我一起來探索吧～ 測序原理： 早期如何測序呢臭挽？ 如果給你這么一串珠子捂襟，讓你統(tǒng)...
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學習小組Day6筆記-小白之R包學習
今天已經(jīng)是尾隨生信星球的豆豆和花花學習的第6天啦，還有一天我竟然要準備畢業(yè)了欢峰，時間過得也太快了吧葬荷！QAQ只不過跟隨豆豆和花花的確是學到了很多東西的，雖然知識比較基礎纽帖。這不宠漩，今...
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1-管道函數(shù)今天想要研究一下R語言中含有百分號（%）符號的含義，之前沒系統(tǒng)歸納過懊直，就借此機會好好做個筆記吧扒吁。 了解管道函數(shù) 使用R語言處理數(shù)據(jù)或者分析，很多時候免不了要寫連續(xù)輸入輸出的代...
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學習小組Day5筆記-小白之認識數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)
今天進一步跟隨生信星球的豆豆和花花了解R的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)室囊，因為之前接觸過雕崩，因此筆記就主要是記錄一下自己在運行代碼過程中的一些探索吧。 認識數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu) 數(shù)據(jù)類型包括五種融撞，有向量盼铁、矩陣、...
