寫在前面 早前已經推過《新手eggNOG-Mapper詳細教程》倦沧，但仍然有很多人遇到使用問題厢拭。換句話，可能那個教程不能徹底解決大伙遇到的問題玷坠。于是我決定寫一個完美的教程蜗搔，徹底...
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零基礎快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM... -
用PLAM下的mcmctree做分歧時間估計
用mcmctree做分歧時間估計的時候遇到報錯： 問題是序列不符合phylip格式，每個名字沒有區(qū)分開 1.使用以下命令行將orthofinder處理好的多序列比對結果八堡，fa...
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一個簡易版提取最長轉錄本的方法根據gff和基因組文件提取最長轉錄本有很多工具樟凄，但發(fā)現沒有一個適合我的跟磨，因為那些工具有各種輸入文件限制燕锥，例如GetTransTool[https://pypi.org/pro...
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貼心 | GXF Fix 修復 / 優(yōu)化基因結構注釋信息文件 - GTF/GFF3寫在前面 目前基因組測序和組裝成本幾乎已經到任何一個課題組都可以單獨負擔的價碼诸典，大量物種的基因組序列被測定和釋放。與此同時飘言，對應的基因結構注釋信息文件，如GTF或GFF3文件...
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「基因組」日常工作之修改注釋文件和NCBI基因組下載
只想水一水区端，我某一天水別人的東西沈善。今天，看了半個小時的nextdenovo組裝 segmentation fault 報錯異常炼绘，終于從github上的回復看到了解決思路企软，老...
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超級爽！~精細比較近源物種 / 單倍型 / 基因組的神器饭望！寫在前面 三年前仗哨，那時往“全國植物基因組會議”投個了摘要，也準備了下墻報铅辞，有點期待能得到點認可厌漂。當然和以前一樣，優(yōu)秀跟我沒啥關系斟珊。這是結果苇倡，結果當然不會反過來影響過程。為了讓...
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python-gffutils 修改gff3文件基因名稱gff3格式 基因結構注釋文件一般為gff3的格式囤踩，一共是9列旨椒，依次為基因組序列id，注釋來源堵漱，類型综慎，起始位置，終止位置勤庐，得分示惊，正負鏈，相位愉镰，屬性米罚。基因結構注釋文件中丈探，基因包...
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跑通GWAS录择，用這些腳本就夠了最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作碗降，雖然具體還有好多需要微調的地方隘竭，先把代碼整理分享出來mark一下 前期準備 1.理論知識 強烈推薦百邁客云課堂課程GWAS生...
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如何對基因組序列進行注釋基因組組裝完成后，或者是完成了草圖遗锣，就不可避免遇到一個問題货裹，需要對基因組序列進行注釋。注釋之前首先得構建基因模型精偿，有三種策略： 從頭注釋(de novo prediction...
