1.質(zhì)控和LD過濾 1.1 質(zhì)控:刪除信息缺失嚴重的個體和位點 plink2 --vcf zy_bsz-bi.vcf --mind 0.10 -...
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snp數(shù)據(jù)PCA分析 -
WGS分析筆記（4）—— Call SNVs/indels??最近一直忙期末匯報和腳本編寫，沒來的及接著往下寫文章，年前把這一塊寫了，然后再往下的分析流程就比較特異性了，做一步寫一步那種义矛，相對于這種已經(jīng)...
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IQ-TREE的使用 - 超快速用極大似然法構(gòu)建進化樹
寫在前面 我知道IQ-tree已經(jīng)有很長一段時間了。不過我一直并沒有使用它。主要原因是蚊俺，常用的快速構(gòu)建ML樹的軟件是FastTree，如果要求準...
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討厭又迷人的reads去重復(fù)在NGS分析入門階段逛万，我們不需要考慮太多的細節(jié)泳猬，只用知道一個分析的大致流程并完整跑下來即可。太多的細節(jié)宇植，只會讓我們對于分析產(chǎn)生莫須有的恐懼得封，因此...
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比較基因組學(xué)（微）的一些文章和流程1：2019:Whole Genome Sequencing and Comparative Genomics Analyses of Pand...
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「三代組裝」使用Pilon對基因組進行polish
軟件安裝 官方提供了編譯好的jar包，方便使用 如果要順利運行程序指郁，要求JAVA > 1.7, 以及根據(jù)基因組大小而定的內(nèi)存忙上，一般而言是1M大小...
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在超算上用sentieon快速完成NGS的變異檢測很久之前就聽說sentieon在跑calling variants的速度非常快闲坎，能甩GATK 不知道多少條街疫粥，但是一直缺少一次機會去進行測試。這...
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SAMtools: SAM格式的處理利器SAM及其相關(guān)工具 SAM格式介紹 SAM全稱是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比對或聯(lián)配數(shù)據(jù)的格式腰懂。無論是重...
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SNP功能注釋網(wǎng)站合集這篇文章是對SNP位點功能注釋在線網(wǎng)站的一個總結(jié)帖梗逮。 軟件排名不分先后，優(yōu)先順序可以看推薦指數(shù)悯恍。 彩蛋在最后库糠，請堅持看完 1、GWAS4D, 推...
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SnpEff 配置基因組注釋文件
SnpEff 軟件提供了絕大多數(shù)物種的基因組注釋信息涮毫，但隨著基因組版本的不斷更新和新的更好的基因組的出現(xiàn)瞬欧，我們有時需要將新的參考基因組注釋信息添...
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