宏基因組復(fù)雜樣品基因組的組裝（無參考基因組） 什么是Gap以及它是怎樣產(chǎn)生的 Gap ： 序列中未確定的區(qū)域饱搏，通常用N或n表示瞻想。 讀長限制產(chǎn)生g...
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Meta組裝小課題2:GapCloser -
Gapcloser
下載和安裝https://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/files/GapCloser/ 使用 需要...
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文獻(xiàn)筆記五：GapFiller的簡單使用文章題目 Toward almost closed genomes with GapFiller 發(fā)表期刊及年份 Genome Biology...
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「三代組裝」使用Pilon對(duì)基因組進(jìn)行polish
軟件安裝 官方提供了編譯好的jar包鼻吮，方便使用 如果要順利運(yùn)行程序垂攘，要求JAVA > 1.7, 以及根據(jù)基因組大小而定的內(nèi)存揭保，一般而言是1M大小...
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SAMtools: SAM格式的處理利器SAM及其相關(guān)工具 SAM格式介紹 SAM全稱是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比對(duì)或聯(lián)配數(shù)據(jù)的格式谆棺。無論是重...
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簡單介紹IGV軟件的安裝和使用
最近遇到了一個(gè)售后疚沐，客戶在使用IGV時(shí)遇到問題暂氯，我之前也沒有用過此軟件。現(xiàn)在便把安裝過程記錄一下亮蛔。 IGV（The Integrative Ge...
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2019意猶未盡的基因組可視化IGV（一）劉小澤寫于19.6.8之前最開始學(xué)習(xí)IGV的時(shí)候?qū)戇^兩篇推文痴施，當(dāng)時(shí)簡單做了了解，但有朋友說意猶未盡究流，嗯我也這么覺得辣吃，總覺得還是學(xué)的不夠。推薦閱讀...
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WGS分析筆記（2）—— bwa vs bowtie2更新于2020.10.29 在進(jìn)行正式的mapping記錄之前芬探，先記錄一下bwa與bowtie2在mapping這個(gè)環(huán)節(jié)的情況神得。 一般對(duì)于WGS...
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線粒體組裝軟件MitoZ安裝及運(yùn)行線粒體組裝軟件MitoZ安裝報(bào)錯(cuò)：sqlite3.IntegrityError: UNIQUE constraint failed: synon...
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samtools使用大全
samtools是一個(gè)用于操作sam和bam文件（通常是短序列比對(duì)工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等產(chǎn)生的，具體格式...
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