三維基因組學(xué)相關(guān)分析 - 專題

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數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn) | Hi-C數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)化
Raw contact to .hic → juicer_tools 軟件地址：https://github.com/aidenlab/jui...

0.3 阿貍的窩 4 4 1
文獻(xiàn)閱讀 | MOCHI:識(shí)別基因調(diào)控網(wǎng)路中的互作模塊
原文鏈接:Tian D, Zhang R, Zhang Y, Zhu X, Ma J. MOCHI enables discovery of h...

1.0 阿貍的窩 1 2

教你用科學(xué)雜志喜歡的配色作圖——R包ggsci
ggsci是ggplot的主題包战虏，它提供一系列高質(zhì)量的調(diào)色板捅伤，其靈感來自于科學(xué)期刊旧巾、數(shù)據(jù)可視化庫、科幻電影和電視節(jié)目中使用的顏色济似。ggsci中的...

2.3 stanford_strive 0 34
RCircos包的使用
參考：1.Package ‘RCircos’[https://cran.r-project.org/web/packages/RCircos/R...

4.2 生信start_site 3 45
Encode數(shù)據(jù)下載很慢怎么辦嘹狞？
最近我要下200個(gè)ChIP-seq的數(shù)據(jù)，在下載的過程中發(fā)現(xiàn)，有的數(shù)據(jù)下載非常的慢纳猫！就像下面這種婆咸，我排除了大型機(jī)網(wǎng)絡(luò)的問題，那么我應(yīng)該咋辦芜辕。尚骄。。...

0.1 liu_ll 2 1
R-下載某一條通路的所有基因名字（KEGG）
實(shí)例：如何拿到KEGG數(shù)據(jù)庫中多巴胺通路相關(guān)的基因集一侵续、確定目標(biāo)通路打開KEGG選擇pathway倔丈，在搜索框前輸入物種，框內(nèi)填入關(guān)鍵詞状蜗。篩...

4.0 SnowPye 1 41
KEGG數(shù)據(jù)庫：查找某個(gè)通路上的所有基因
1.kegg數(shù)據(jù)庫下載通常我們?nèi)绻阎硞€(gè)基因需五，想對(duì)這個(gè)基因做通路很簡(jiǎn)單，直接用kegg的網(wǎng)頁注釋就可以轧坎；如果想知道某個(gè)通路里相關(guān)的所有基因列...

1.5 bio_橡樹 3 27

使用pyGenomeTracks可視化hi-c數(shù)據(jù)
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! 可視化是數(shù)據(jù)分析中非常重要的一個(gè)環(huán)節(jié)宏邮，對(duì)于NGS分析數(shù)據(jù)的可視化，最常用的就是各種基因組瀏覽器了缸血，既有UCSC, G...

1.5 生信修煉手冊(cè) 1 11
【三維基因組】Hi-C call loops蜜氨？-choose juicer ! 之 step1
Juicer Tools 簡(jiǎn)介以及前期處理 Juicer 軟件分析流程以及幾大模塊,如下圖所示： JUICER主要分為三個(gè)模塊 JUICER T...

0.8 XuningFan 0 8
【三維基因組】Hi-C call loops？-choose juicer ! 之 step4
我們知道.hic 文件是高度壓縮的二進(jìn)制文件捎泻，便于存儲(chǔ)和分析飒炎。那么如果我們想要從.hic提取某一區(qū)域的交互信息的話，該如何操作呢族扰？這就涉及到了j...

0.3 XuningFan 0 4