輸入文件有：物種基因組序列文件屑咳、物種基因組注釋文件亚兄、轉(zhuǎn)錄本比對(duì)后的BAM文件穴翩；以斑胸草雀為例：-基因組注釋文件: GCF_003957565.2...
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IGV基因組瀏覽器打開(kāi)BAM文件查看reads比對(duì)情況 -
GWAS+自然選擇：62個(gè)樣本的GWAS分析，沒(méi)信號(hào)，如何巧妙的發(fā)文章
歡迎來(lái)到"bio生物信息"的世界 6天前，BMC Genomics 推了一篇文獻(xiàn)“Population history and genetic ...
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2021-10-18【文獻(xiàn)】全基因組關(guān)聯(lián)研究顯示葡萄糖基轉(zhuǎn)移酶OsIAGLU調(diào)節(jié)水稻根系生長(zhǎng)Title: A genome-wide association study reveals that the glucosyltransfer...
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單倍型分析一、什么是單倍型餐蔬？ 在單倍型分析前，首先需要明白什么是單倍型佑附、什么是基因單倍型樊诺？ 一般來(lái)講，所謂的單倍型是指同一染色體上不同變異位點(diǎn)的各種線性組...
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【動(dòng)植物研究動(dòng)態(tài)】20220320文獻(xiàn)解讀
Nature Genetics | 抗條銹病小麥品種Kariega基因組組裝與抗病基因Yr27挖掘[https://mp.weixin.qq.c...
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【基因組學(xué)】使用IGV可視化查看基因組重測(cè)序比對(duì)結(jié)果寫在前面IGV能夠?qū)⒒蚪M的變異情況可視化音同，因此廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)的研究中啄骇。下面我以windows下的IGV為例，介紹一下IGV在查看基因組變異...
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bcftools 處理vcf文件瘟斜，尋找多個(gè)vcf文件中突變的交集
目標(biāo) 通過(guò)varscan等找到somatic mutations之后缸夹，想看多個(gè)樣本的突變之間的交集。bcftools是用來(lái)處理vcf文件螺句，可以進(jìn)...
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GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析全流程
拖拖拉拉用了一年時(shí)間才把GWAS整個(gè)流程捋完虽惭，從背景到code、還有過(guò)程中遇到的一些bug以及解決辦法蛇尚，加起來(lái)也有二十余篇芽唇，按分析的流程整理出一...
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PAML: 進(jìn)化分歧時(shí)間估計(jì)看到一個(gè)可進(jìn)行物種分歧時(shí)間估計(jì)的方法，是PAML中的一個(gè)子程序mcmctree取劫。在此記錄匆笤。 標(biāo)題：PAML 4: phylogenetic an...
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群體進(jìn)化選擇消除分析要做選擇性消除分析，首先就要把如下的理論記住熟記于心谱邪。 中性進(jìn)化假說(shuō)： 分子水平上炮捧，生物的演化或物種的進(jìn)化并不是自然選擇引起的，而是由中性/近中...
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