公共數(shù)據(jù)庫中的SRA 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)究竟包含了哪些數(shù)據(jù)？CellRanger怎樣利用10x平臺(tái)下機(jī)數(shù)據(jù)進(jìn)行下游一系列分析？這篇文章簡(jiǎn)單記錄Ce...
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單細(xì)胞測(cè)序分析上游cellranger軟件入門介紹 -
如何使用 Seurat 分析單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)（ Q&A
1. 關(guān)于 QC Q：過濾線粒體基因是去除低質(zhì)量 cell，核糖體基因用過濾嗎？ A： Seurat 教程中沒有提到用核糖體基因的 UMI 含量...
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單細(xì)胞之富集分析-1：?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程單細(xì)胞GSEA分析需要的文件有兩個(gè)：1. 單細(xì)胞基因表達(dá)變化數(shù)據(jù)（兩列，一列是geneid/gene symbol，一列是logFC）（文件格式...
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單細(xì)胞測(cè)序-scRNA-seq數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化處理我們都知道女责，從數(shù)據(jù)質(zhì)控開始已經(jīng)進(jìn)入了scRNA分析階段，在這個(gè)階段開始測(cè)試代碼创译，進(jìn)行實(shí)操是很重要的抵知。測(cè)試過程中出現(xiàn)的各種問題可能成為你學(xué)習(xí)路上的...
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單細(xì)胞36計(jì)之7無中生有---Seurat標(biāo)準(zhǔn)教程第七計(jì) 無中生有本指本來沒有卻硬說有。現(xiàn)形容憑空捏造软族。 設(shè)置Seurat對(duì)象 對(duì)于本教程刷喜，我們將分析可從10X Genomics免費(fèi)獲得的外周血...
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Seurat官方教程 | pbmc3k_tutorial最新版Compiled: March 18, 2021 來源：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k...
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單細(xì)胞文獻(xiàn)-1 外周血單個(gè)核細(xì)胞的單細(xì)胞測(cè)序揭示了COVID-19和流感患者的不同免疫應(yīng)答情況Single-Cell Sequencing of Peripheral Mononuclear Cells Reveals Distinct ...
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空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析（hot）追熱點(diǎn)，好嗎立砸？當(dāng)然好掖疮，只要有足夠的基金，熱點(diǎn)還是比較容易發(fā)大文章的颗祝，但是需要注意浊闪，測(cè)序前還是應(yīng)該有合理，目的明確的課題設(shè)計(jì)Ｍ驴（目前空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序...
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(8): 展示marker基因的4種圖形（一）
今天的內(nèi)容講講單細(xì)胞文章中經(jīng)常出現(xiàn)的展示細(xì)胞marker的圖：tsne/umap圖规揪、熱圖桥氏、堆疊小提琴圖温峭、氣泡圖，每個(gè)圖我都會(huì)用兩種方法繪制字支。 使...
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Seurat Weekly NO.09 ||UMAP圖分不開怎么辦凤藏？Seurat Weekly NO.0 || 開刊詞[http://www.reibang.com/p/6f88d3df702b] Seurat...
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