前言 ??做生分析有時候需要從基因組fasta文件中提取基因的序列，對于這個需求有不少現(xiàn)成的軟件可以來實現(xiàn)，今天來跟大家分享4款可以完成這個需求...
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可以從fasta中提取基因序列的4款軟件
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「基因組學(xué)」使用CAFE進(jìn)行基因家族擴(kuò)張收縮分析環(huán)境準(zhǔn)備 安裝軟件: 參考「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析 安裝OrthoFinder，然后再安裝CAFE 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備...
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fasta/fq文件處理萬能工具——Seqkit學(xué)習(xí)記錄
shenwei爪哥開發(fā)的處理Fasta/Fastq文件的萬能工具。之前處理fq/fa文件時花時間寫的一些腳本發(fā)現(xiàn)在seqkit里直接能一行命令就...
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生信常用文件格式2021.6.6 1. 序列格式 1.1 fasta 簡介一種基于文本的霹菊、用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在這種格式中堿基對或氨基酸用單個...
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生信地基系列--tabix高通量測序產(chǎn)生的存放大量數(shù)據(jù)的文件往往十分龐大，即使是壓縮文件你辣，也有幾十G到幾百G，這樣的文件獲取其中某一區(qū)間信息的時候使用常用的Linux命令...
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基因組重復(fù)序列檢測：RepeatMasker的安裝及使用RepeatMasker是重復(fù)序列檢測的常用工具，通過與參考數(shù)據(jù)庫的相似性比對來準(zhǔn)確識別或屏蔽基因組中的重復(fù)序列舍哄，屬于同源預(yù)測注釋的方式宴凉。下文除...
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生信格式中的0-base與1-base
CheatSheet 首先先放上 0-based 和 1-based 的cheatsheet FormatTypeUCSC Genome Bro...
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Aspera——碾壓prefetch命令的存在, 利用SRR號批量高效下載FASTQ或SRA數(shù)據(jù)本節(jié)簡單介紹Aspera安裝和使用，并給出利用SRR號批量下載FASTQ或SRA數(shù)據(jù)的方法表悬，通過比較發(fā)現(xiàn)aspera的下載速度與prefetch...
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生信工具1: SRAToolkitSRA（Sequence ReadArchive）數(shù)據(jù)庫是用于存儲二代測序的原始數(shù)據(jù)跪解，包括 454，Illumina签孔，SOLiD叉讥，IonTorr...
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破案了！blast建庫中-parse_seqids的用意
建庫的代碼饥追，加上-parse_seqids提示 BLAST Database creation error: Near line 6001, t...
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