系列筆記基于達(dá)澈生物講座視頻胆剧，從中初步學(xué)習(xí)了解生信分析中常遇到的組學(xué)分析技術(shù)笛质。ChIP-seq和 CUT&Tag歪脏、CUT&RUN講座視頻筆記 -...

寫在前面 課題組目前做一些基因組相關(guān)工作。了解基因組的朋友應(yīng)該明白牵现，基因結(jié)構(gòu)注釋錯(cuò)誤幾乎遍布所有基因組，包括我們目前看到的大多數(shù)即使是發(fā)表在頂級...

之前使用IGV查看ChIP-seq結(jié)果的時(shí)候，一般就是只看某一個(gè)基因附近的peaks硫麻，或者同時(shí)打開好幾個(gè)IGV界面(sessions)查看多個(gè)基...

寫在前面IGV能夠?qū)⒒蚪M的變異情況可視化碌尔，因此廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)的研究中浇辜。下面我以windows下的IGV為例券敌，介紹一下IGV在查看基因組變異...

獲得read counts的表達(dá)矩陣后，一般來說可以用DESeq2柳洋、limma和edgeR等R包進(jìn)行差異比較分析待诅。 本文將展示利用Excel進(jìn)行...

1. circbase（http://www.circbase.org/）用于查找circRNA的序列。 2. TargetScan（https...

最近在做一些bam文件質(zhì)控的時(shí)候熊镣，發(fā)現(xiàn)沒有深入理解一些文件格式咱士，只是參考別人代碼跑數(shù)據(jù)，感覺心里是很虛的轧钓，仔細(xì)查了些資料序厉，才有了初步的了解，主要...

Fastq格式文件儲(chǔ)存了生物序列的信息及其質(zhì)量信息毕箍。以電腦中的一個(gè)文件的為例 1 格式說明 第一行：必須@開頭弛房，緊跟唯一的序列的ID標(biāo)識(shí)符，后面...

最近想看線粒體代謝相關(guān)基因在自己測序數(shù)據(jù)中是否有差異而柑，找了好久文捶，沒找到一個(gè)合適的基因列表，早上真的是太太幸運(yùn)啦Ｃ娇取４馀拧！我搜了下mitochondr...