比較基因組 - 專題

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比較基因組

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跨物種RNA-seq標(biāo)準(zhǔn)化及差異表達(dá)
前言對跨物種的RNA-seq進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化和差異分析已知是一個(gè)問題垦垂，而目前對此類問題的相關(guān)研究還比較少凉夯，有用RPKM進(jìn)行各物種之間標(biāo)準(zhǔn)化的赴恨，也有基...

1.3 小潤澤 0 13
構(gòu)建一個(gè)近乎完整的植物基因組
前言植物基因組大小跨越幾個(gè)數(shù)量級(jí)胰坟，倍性和雜合性變化奶镶，以及新舊基因組轉(zhuǎn)座子變化等帶來組裝挑戰(zhàn)诉位。三代和物理圖譜提供了新機(jī)會(huì)胁孙，單倍型定相唠倦、結(jié)構(gòu)變異分...

2.3 生物信息與育種 0 5

轉(zhuǎn)載|VCF變異統(tǒng)計(jì)及繪制染色體分布圖
VCF文件的變異分布圖称鳞，除了使用Circos圖之外，統(tǒng)計(jì)特定材料間的變異分布情況時(shí)可能會(huì)用到染色體分布圖稠鼻，為了節(jié)省時(shí)間冈止，實(shí)現(xiàn)統(tǒng)計(jì)及繪圖的自動(dòng)化，...

1.6 糖異生的魚 0 5
系統(tǒng)進(jìn)化樹簡介及構(gòu)建
系統(tǒng)進(jìn)化樹學(xué)習(xí)筆記候齿。系統(tǒng)進(jìn)化樹簡介系統(tǒng)進(jìn)化樹（Phylogenetic tree）：用一種類似樹狀分支圖形來概括各節(jié)點(diǎn)之間的進(jìn)化關(guān)系靶瘸，節(jié)點(diǎn)可...

7.5 shenghuanjing 5 70
我的SNP calling和核心SNP(core SNP)聚類分析流程
個(gè)人進(jìn)行SNP分析用的軟件是snippy[https://github.com/tseemann/snippy]，主要是可以一次批量完成毛肋。準(zhǔn)備工...

1.9 大壞蛋HYB 33 26
【文獻(xiàn)分享】Zoonomia project
Zoonomia project: 120余個(gè)未曾報(bào)道的哺乳類基因組數(shù)據(jù)集原標(biāo)題： A comparative genomics multito...

0.2 楊康chin 0 2
【名詞解釋】synteny / collinearity / identity / similarity / homology
1. synteny 和 collinearity 用來描述基因組的共線性 synteny 共線性：同源基因在相應(yīng)染色體上的保留collinea...

0.8 生信師姐 0 7

「摸魚快報(bào)002」一個(gè)系統(tǒng)發(fā)育和系統(tǒng)基因組學(xué)分析的教程合集
https://github.com/mmatschiner/tutorials 在github上看到一個(gè)關(guān)于phylogenetic and ...

1.0 賣萌哥 2 13
orthmcl 物種進(jìn)化樹建樹實(shí)戰(zhàn)
從orthomcl結(jié)果中挑選出單拷貝基因，并建立一個(gè)單拷貝文件 pick_single_gene.py 每一列為一個(gè)物種（groups.txt_...

0.2 代表群眾 0 3
Orthofinder運(yùn)行結(jié)果文件解讀
OrthoFinder結(jié)果文件運(yùn)行標(biāo)準(zhǔn)OrthoFinder會(huì)產(chǎn)生一系列文件：直系同源組屋剑、直系同源润匙、基因樹、物種樹唉匾、基因復(fù)制事件孕讳、比較基因組學(xué)...

1.5 大大的世界和小小的人兒 3 29